Bonjour,
Suite des mes interrogations, mais sur un problème différent :
Une ACPVI dans ADE4 retient l'ensemble des variables indépendantes et les renseigne dans les outputs. Dans Vegan, il semble qu'une sélection soit faite sur des critères de colinéarité qui m'échappent, avec ce message "Some constraints were aliased because they were collinear (redundant)". En fait les explications fournies dans Vegan ?rda sont quelque peu elliptiques:
If some of the constraints are redundant linear combinations of
other constraints or conditions, not all biplot scores can be
estimated. In that case a message is displayed when the results
are printed. The aliased constraints can be listed using function
'alias'.
J'ai du mal à croire que la colinéarité est absolue (je suis même certain qu'elle ne l'est pas: aucune des variables n'est corrélée à 100% à une autre), et donc à partir de quelle seuil (par quel algorithme de décision) décide-t-on ici qu'une variable peut être aliasée (!) au profit d'une autre? D'autant que dans le cas d'espèce qui m'a fait plonger dans ces méthodes, les variables restantes (non aliasées) ne sont pas forcément plus pertinentes (d'un point de vue biologique) que celles qui ont été aliasées/cachées...
Y-a-t-il un moyen d'éviter cet aliasage (par ailleurs une option intéressante) dans Vegan ? -cette question déborde d'ailleurs de la liste ADE... mais vos réponses peuvent servir de base à une question plus pertinente et mieux formulée dans R-help...
Bien cordialement à tous,
Patrick Giraudoux
This archive was generated by hypermail 2b30 : Sat Oct 23 2004 - 19:15:23 MEST