Leila.VonAesch@unil.ch a écrit :
> Bonjour,
>
> J'ai effectué une ACC sur R à l'aide du package ade4 et
> je cherche un moyen de connaître pour chaque espèce
> l'inertie associée aux variables milieu. Merci d'avance
> pour votre coup de main!
>
> Leïla
Dans la version sous R, exécuter une CCA :
data(doubs)
w=cca(doubs$poi,doubs$mil)
Select the number of axes: 3
Noter qu'une cca est un cas particulier d'une acpvi qui est une
sous-classe des schémas de dualité.
class(w)
[1] "cca" "pcaiv" "dudi"
On peut donc appliquer les fonctions prévues pour les dudi
> inertia.dudi(w,col=T)
$TOT
inertia cum ratio
1 0.534524357 0.5345244 0.6387204
2 0.121838565 0.6563629 0.7843092
3 0.068703183 0.7250661 0.8664048
...
$col.abs
Comp1 Comp2
CHA 453 2215
TRU 2476 852
VAI 1890 203
LOC 1275 513
OMB 487 2322
BLA 283 2174
...
$col.rel
Comp1 Comp2 con.tra
CHA -4600 5122 630
TRU -8588 -674 1841
VAI -9709 -237 1243
LOC -8640 -793 943
OMB -4235 4599 735
BLA -3416 5991 528
...
$col.cum
Comp1 Comp2 remain
CHA 4600 9722 278
TRU 8588 9262 738
VAI 9709 9947 53
LOC 8640 9433 567
OMB 4235 8834 1166
BLA 3416 9407 593
...
On a les inerties relatives, absolues et cumulées du nuage des variables
espèces après modélisation par les variables de milieu prises ensemble
(régression multiple)
Daniel Chessel
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