Jean-Louis Devineau wrote:
> Bonjour ,
>
>
> Je bute sur la question suivante…
> Une analyse de co-inertie d’un tableau espèce / relevé (présence
> absence, abondance etc.) et d’un tableau espèce / descripteurs de
> milieu (fréquence des espèces dans les classes de descripteurs) permet
> une représentation par projection simultanée de la position des
> espèces en fonction des descripteurs de milieu et de la végétation. La
> distance entre ces deux représentation peut être matérialisée
> graphiquement sur le plan de deux axes à l’image de ce qui est
> présenté pour des relevés figure 7 de la fiche thema 4.1(j’utilise
> ADE_4 « classique »). Le calcul de cette distance sur un plan est
> simple et peut être suffisante lorsque l’inertie expliquée par les
> premiers axes est forte. Mais comment faire si l’on veut de façon plus
> générale (sur l’ensemble du « nuage ») calculer cette distance qui
> sépare la place « sociologique » d’une espèce et sa place définie par
> les descripteurs de milieu considérés ? La réponse de D. Chessel à
> Eric Laloum (29 Juin 1998 !) « Distance entre 2 matrices de distances
> » pourrait-elle être une piste ?
> Merci si quelqu’un peut me renseigner
>
> JL DEVINEAU
>
> --
>
>
Bonjour,
si vous voulez prendre en compte l'ensemble des nuages, vous pourriez
vous intéresser au RV, qui est un coefficient de corrélation entre deux
typologies, prises dans leur ensemble. Il varie de 0 (pas de corrélation
entre typologie) à 1 (corrélation parfaite).
Je ne connais pas ade4 classique, par contre je ne peux que vous
recommander d'essayer la librairie ade4 dans R.
La fonction coinertia donne le RV entre les deux nuages. Un test par
permutation est aussi disponible par la fonction RV.rtest.
Vous trouverez de plus amples informations sur la fiche consacrée à la
co-structure de deux nuages de points :
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html > Fiches de TD > Analyse
multivariée (ade4) > tdr64
Cordialement,
T. Jombart
-- ###################################### Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 jombart@biomserv.univ-lyon1.fr http://biomserv.univ-lyon1.fr/sitelabo/pageperso.php?id_personne=178
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