bpp::FullHmmTransitionMatrix Member List

This is the complete list of members for bpp::FullHmmTransitionMatrix, including all inherited members.

AbstractHmmTransitionMatrix(std::shared_ptr< const HmmStateAlphabet > alph, const std::string &prefix="")	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
AbstractHmmTransitionMatrix(const AbstractHmmTransitionMatrix &hptm)	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
AbstractParametrizable(const std::string &prefix)	bpp::AbstractParametrizable	inline
addParameter_(Parameter *parameter)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
addParameters_(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
clone() const	bpp::FullHmmTransitionMatrix	inlinevirtual
deleteParameter_(size_t index)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
deleteParameter_(std::string &name)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
deleteParameters_(const std::vector< std::string > &names)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
eqFreq_	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	mutableprotected
fireParameterChanged(const ParameterList &parameters)	bpp::FullHmmTransitionMatrix	virtual
FullHmmTransitionMatrix(std::shared_ptr< const HmmStateAlphabet > alph, const std::string &prefix="")	bpp::FullHmmTransitionMatrix
FullHmmTransitionMatrix(const FullHmmTransitionMatrix &hptm)	bpp::FullHmmTransitionMatrix
getEquilibriumFrequencies() const	bpp::FullHmmTransitionMatrix	virtual
getHmmStateAlphabet() const	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	inlinevirtual
bpp::getNamespace() const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getNamespace() const override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
bpp::getNumberOfParameters() const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getNumberOfParameters() const override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
getNumberOfStates() const	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	inlinevirtual
getParameter(const std::string &name) const	bpp::AbstractParametrizable	inline
getParameter(size_t i) const	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
getParameter(size_t i)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
getParameter_(const std::string &name)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
getParameter_(size_t index)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
getParameter_(size_t index) const	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
bpp::getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
bpp::getParameters() const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameters() const override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
bpp::getParameters_()=0	bpp::Parametrizable	protectedpure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameters_() override	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
bpp::getParameterValue(const std::string &name) const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameterValue(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
getParameterWithNamespace_(const std::string &name)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
getParameterWithNamespace_(const std::string &name) const	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
getPij() const	bpp::FullHmmTransitionMatrix	virtual
bpp::hasParameter(const std::string &name) const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::hasParameter(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
hmmStateAlphabet() const	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	inlinevirtual
includeParameters_(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
bpp::matchParametersValues(const ParameterList &parameters)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::matchParametersValues(const ParameterList &parameters) override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
operator=(const FullHmmTransitionMatrix &hptm)	bpp::FullHmmTransitionMatrix
bpp::AbstractHmmTransitionMatrix::operator=(const AbstractHmmTransitionMatrix &hptm)	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
bpp::parameter(const std::string &name) const =0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::parameter(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
Parametrizable()	bpp::Parametrizable	inline
Pij(size_t i, size_t j) const	bpp::FullHmmTransitionMatrix	inlinevirtual
pij_	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	mutableprotected
bpp::removeConstraint(const std::string &name)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::removeConstraint(const std::string &name) override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
resetParameters_()	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotected
sample(size_t size) const	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
bpp::setAllParametersValues(const ParameterList &parameters)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setAllParametersValues(const ParameterList &parameters) override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
bpp::setConstraint(const std::string &name, std::shared_ptr< ConstraintInterface > constraint)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setConstraint(const std::string &name, std::shared_ptr< ConstraintInterface > constraint) override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
setHmmStateAlphabet(std::shared_ptr< const HmmStateAlphabet > stateAlphabet)	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	virtual
bpp::setNamespace(const std::string &prefix)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setNamespace(const std::string &prefix) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
bpp::setParametersValues(const ParameterList &parameters)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setParametersValues(const ParameterList &parameters) override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
bpp::setParameterValue(const std::string &name, double value)=0	bpp::Parametrizable	pure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setParameterValue(const std::string &name, double value) override	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
setTransitionProbabilities(const Matrix< double > &mat)	bpp::FullHmmTransitionMatrix
shareParameter_(const std::shared_ptr< Parameter > &parameter)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
shareParameters_(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	inlineprotectedvirtual
tmpmat_	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	mutableprotected
upToDate_	bpp::AbstractHmmTransitionMatrix	mutableprotected
vSimplex_	bpp::FullHmmTransitionMatrix	private
~AbstractParametrizable()	bpp::AbstractParametrizable	inlinevirtual
~Clonable()=default	bpp::Clonable	virtual
~Parametrizable()	bpp::Parametrizable	inlinevirtual