bpp::CollectionNodes Member List

This is the complete list of members for bpp::CollectionNodes, including all inherited members.

AbstractParametrizable(const std::string &prefix)	bpp::AbstractParametrizable
addParameter_(Parameter *parameter)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
addParameters_(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
clone() const	bpp::CollectionNodes	inlinevirtual
collection() const	bpp::CollectionNodes	inline
collection_	bpp::CollectionNodes	private
CollectionNodes(Context &context, std::shared_ptr< const SubstitutionProcessCollection > collection)	bpp::CollectionNodes
context()	bpp::CollectionNodes	inline
context_	bpp::CollectionNodes	private
deleteParameter_(size_t index)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
deleteParameter_(std::string &name)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
deleteParameters_(const std::vector< std::string > &names)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
distColl_	bpp::CollectionNodes	private
fireParameterChanged(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	virtual
freqColl_	bpp::CollectionNodes	private
getCollection() const	bpp::CollectionNodes	inline
getFrequencies(size_t freqIndex)	bpp::CollectionNodes	inline
getModel(size_t modelIndex)	bpp::CollectionNodes	inline
getModelCollection()	bpp::CollectionNodes	inline
getNamespace() const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
getNumberOfParameters() const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
getParameter(const std::string &name) const	bpp::AbstractParametrizable
getParameter(size_t i) const	bpp::AbstractParametrizable	protected
getParameter(size_t i)	bpp::AbstractParametrizable	protected
getParameter_(const std::string &name)	bpp::AbstractParametrizable	protected
getParameter_(size_t index)	bpp::AbstractParametrizable	protected
getParameter_(size_t index) const	bpp::AbstractParametrizable	protected
getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
getParameters() const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
getParameters_() override	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
getParameterValue(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
getParameterWithNamespace_(const std::string &name)	bpp::AbstractParametrizable	protected
getParameterWithNamespace_(const std::string &name) const	bpp::AbstractParametrizable	protected
getProcessTree(size_t treeIndex)	bpp::CollectionNodes
getRateDistribution(size_t distIndex)	bpp::CollectionNodes	inline
hasParameter(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
includeParameters_(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
matchParametersValues(const ParameterList &parameters) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
model(size_t modelIndex)	bpp::CollectionNodes	inline
modelColl_	bpp::CollectionNodes	private
parameter(const std::string &name) const override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
parameters_	bpp::AbstractParametrizable	private
Parametrizable()	bpp::Parametrizable
prefix_	bpp::AbstractParametrizable	private
removeConstraint(const std::string &name) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
resetParameters_()	bpp::AbstractParametrizable	protected
setAllParametersValues(const ParameterList &parameters) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
setConstraint(const std::string &name, std::shared_ptr< ConstraintInterface > constraint) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
setNamespace(const std::string &prefix) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
setParametersValues(const ParameterList &parameters) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
setParameterValue(const std::string &name, double value) override	bpp::AbstractParametrizable	virtual
shareParameter_(const std::shared_ptr< Parameter > &parameter)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
shareParameters_(const ParameterList &parameters)	bpp::AbstractParametrizable	protectedvirtual
treeColl_	bpp::CollectionNodes	private
~AbstractParametrizable()	bpp::AbstractParametrizable	virtual
~Clonable()=default	bpp::Clonable	virtual
~Parametrizable()	bpp::Parametrizable	virtual