bpp-phyl3  3.0.0
bpp::HmmPhyloEmissionProbabilities Member List

This is the complete list of members for bpp::HmmPhyloEmissionProbabilities, including all inherited members.

AbstractParametrizable(const std::string &prefix)bpp::AbstractParametrizable
addParameter_(Parameter *parameter)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
addParameters_(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
clone() constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinlinevirtual
context_bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesprivate
deleteParameter_(size_t index)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
deleteParameter_(std::string &name)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
deleteParameters_(const std::vector< std::string > &names)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
emProb_bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesprivate
fireParameterChanged(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizablevirtual
getEmissionProbabilities()bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinline
getHmmStateAlphabet() constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinlinevirtual
bpp::getNamespace() const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getNamespace() const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::getNumberOfParameters() const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getNumberOfParameters() const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
getNumberOfPositions() constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinlinevirtual
getNumberOfSites() constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinline
getNumberOfStates() constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinline
getParameter(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizable
getParameter(size_t i) constbpp::AbstractParametrizableprotected
getParameter(size_t i)bpp::AbstractParametrizableprotected
getParameter_(const std::string &name)bpp::AbstractParametrizableprotected
getParameter_(size_t index)bpp::AbstractParametrizableprotected
getParameter_(size_t index) constbpp::AbstractParametrizableprotected
bpp::getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::getParameters() const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameters() const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::getParameters_()=0bpp::Parametrizableprotectedpure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameters_() overridebpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
bpp::getParameterValue(const std::string &name) const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameterValue(const std::string &name) const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
getParameterWithNamespace_(const std::string &name)bpp::AbstractParametrizableprotected
getParameterWithNamespace_(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizableprotected
bpp::hasParameter(const std::string &name) const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::hasParameter(const std::string &name) const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
HmmPhyloEmissionProbabilities(std::shared_ptr< HmmPhyloAlphabet > alphabet)bpp::HmmPhyloEmissionProbabilities
HmmPhyloEmissionProbabilities(const HmmPhyloEmissionProbabilities &hEP)bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinline
includeParameters_(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
bpp::matchParametersValues(const ParameterList &parameters)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::matchParametersValues(const ParameterList &parameters) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
nbSites_bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesprivate
operator()(size_t pos, size_t state) constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinlinevirtual
operator()(size_t pos) constbpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesinlinevirtual
bpp::parameter(const std::string &name) const=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::parameter(const std::string &name) const overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
parameters_bpp::AbstractParametrizableprivate
Parametrizable()bpp::Parametrizable
phylAlph_bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesprivate
prefix_bpp::AbstractParametrizableprivate
bpp::removeConstraint(const std::string &name)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::removeConstraint(const std::string &name) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
resetParameters_()bpp::AbstractParametrizableprotected
bpp::setAllParametersValues(const ParameterList &parameters)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setAllParametersValues(const ParameterList &parameters) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::setConstraint(const std::string &name, std::shared_ptr< ConstraintInterface > constraint)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setConstraint(const std::string &name, std::shared_ptr< ConstraintInterface > constraint) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
setHmmStateAlphabet(std::shared_ptr< HmmStateAlphabet > stateAlphabet)bpp::HmmPhyloEmissionProbabilitiesvirtual
bpp::setNamespace(const std::string &prefix)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setNamespace(const std::string &prefix) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::setParametersValues(const ParameterList &parameters)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setParametersValues(const ParameterList &parameters) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::setParameterValue(const std::string &name, double value)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setParameterValue(const std::string &name, double value) overridebpp::AbstractParametrizablevirtual
shareParameter_(const std::shared_ptr< Parameter > &parameter)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
shareParameters_(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableprotectedvirtual
~AbstractParametrizable()bpp::AbstractParametrizablevirtual
~Clonable()=defaultbpp::Clonablevirtual
~Parametrizable()bpp::Parametrizablevirtual