- b -

• BackwardHmmLikelihood_DF() : bpp::BackwardHmmLikelihood_DF
• BackwardLikelihoodTree() : bpp::BackwardLikelihoodTree
• BasicTreeDrawingDisplayControler() : bpp::BasicTreeDrawingDisplayControler
• beforeDrawBranch() : bpp::TreeDrawingListener , bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• beforeDrawNode() : bpp::TreeDrawingListener , bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• beforeDrawTree() : bpp::TreeDrawingListener , bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• begin() : bpp::TreeIterator
• belongsTo() : bpp::AbstractTreeDrawing
• bestRootPosition_() : bpp::PhyloTreeTools , bpp::TreeTools
• BinarySubstitutionModel() : bpp::BinarySubstitutionModel
• BioNJ() : bpp::BioNJ
• BipartitionList() : bpp::BipartitionList
• bipartitionOccurrences() : bpp::TreeTools
• BipartitionTools() : bpp::BipartitionTools
• bit0() : bpp::BipartitionTools
• bit1() : bpp::BipartitionTools
• bitAnd() : bpp::BipartitionTools
• bitNot() : bpp::BipartitionTools
• bitOr() : bpp::BipartitionTools
• bootstrap() : bpp::PairedSiteLikelihoods
• BootstrapValuesTreeDrawingListener() : bpp::BootstrapValuesTreeDrawingListener
• BppOBranchModelFormat() : bpp::BppOBranchModelFormat
• BppOFrequencySetFormat() : bpp::BppOFrequencySetFormat
• BppOMultiTreeReaderFormat() : bpp::BppOMultiTreeReaderFormat
• BppOMultiTreeWriterFormat() : bpp::BppOMultiTreeWriterFormat
• BppORateDistributionFormat() : bpp::BppORateDistributionFormat
• BppOSubstitutionModelFormat() : bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• BppOTransitionModelFormat() : bpp::BppOTransitionModelFormat
• BppOTreeReaderFormat() : bpp::BppOTreeReaderFormat
• BppOTreeWriterFormat() : bpp::BppOTreeWriterFormat
• BppPhylogeneticsApplication() : bpp::BppPhylogeneticsApplication
• BranchedModelSet() : bpp::BranchedModelSet
• BranchLengthsTreeDrawingListener() : bpp::BranchLengthsTreeDrawingListener
• BranchLikelihood() : bpp::BranchLikelihood
• BranchModelInterface() : bpp::BranchModelInterface
• build() : bpp::ForwardHmmD2Likelihood_DF , bpp::ForwardHmmDLikelihood_DF , bpp::ForwardHmmLikelihood_DF
• buildBipartitionPair() : bpp::BipartitionTools
• buildBitBipartitions() : bpp::BipartitionList
• buildDistanceTree() : bpp::OptimizationTools
• buildFollowingPath_() : bpp::ProcessComputationTree
• buildFollowingScenario_() : bpp::ProcessComputationTree
• buildFromPhyloTree() : bpp::TreeTemplateTools
• buildFromTreeTemplate() : bpp::PhyloTreeTools