- o -

• offset_ : bpp::AbstractTreeLikelihood::SimpleSiteIterator
• omegaC_ : bpp::AbstractCodonClusterAASubstitutionModel
• omegaR_ : bpp::AbstractCodonClusterAASubstitutionModel
• onBranch : bpp::Nhx::Property
• oneModel_ : bpp::KCM
• OPTIMIZATION_BFGS : bpp::OptimizationTools
• OPTIMIZATION_BRENT : bpp::OptimizationTools
• OPTIMIZATION_GRADIENT : bpp::OptimizationTools
• OPTIMIZATION_NEWTON : bpp::OptimizationTools
• optimizeCounter_ : bpp::NNITopologyListener2 , bpp::NNITopologyListener
• optimizeNumerical_ : bpp::NNITopologyListener2 , bpp::NNITopologyListener
• optimizer_ : bpp::DistanceEstimation , bpp::NaNListener
• optMethod_ : bpp::NNITopologyListener2 , bpp::NNITopologyListener
• optMethodDeriv : bpp::OptimizationTools::OptimizationOptions
• optMethodModel : bpp::OptimizationTools::OptimizationOptions
• orientation_ : bpp::CladogramDrawBranchEvent , bpp::PhylogramDrawBranchEvent
• ORIENTATION_BOTTOM_TO_TOP : bpp::AbstractDendrogramPlot
• ORIENTATION_LEFT_TO_RIGHT : bpp::AbstractDendrogramPlot
• ORIENTATION_RIGHT_TO_LEFT : bpp::AbstractDendrogramPlot
• ORIENTATION_TOP_TO_BOTTOM : bpp::AbstractDendrogramPlot
• originalModel_ : bpp::RegisterRatesSubstitutionModel
• originalPosition : bpp::SitePatterns::SortableSite
• outputInternalSequences_ : bpp::NonHomogeneousSequenceSimulator
• outputInternalSites_ : bpp::SimpleSubstitutionProcessSiteSimulator