<x-charset iso-8859-1>Un nouveau message de Sebastien Thorin qui me l'a envoyé au lieu de
l'envoyer à adelist :
>Donc, si je comprend bien, pour interpréter le plan factoriel 1-2 de
>l’analyse canonique des correspondances, du point de vue des variables du
>milieu, je peux utiliser conjointement la représentation du poid des
>variables (fichier.ivfa) et la représentation des corrélations entre les
>codes canoniques (fichier.ivl1) et les variables initiales (Milieu.cnta) à
>condition qu'elles concordent. Si c'est le cas, dans une optique de
>publications des résultats ou souvent le nombre de figures est limité,
>l'une des deux représentations est-elle plus judicieuse que l'autre,
>donnent t-elles la même information?
Pour l'interpretation, on utilise plus volontier les correlations. Les
coefficients et leur comparaison avec les correlations servent pour voir si
l'analyse est stable. L'ACC donne des combinasons des variables de milieu
qui maximise la separation des niches des especes.
Considerons trois variables de milieu. Pour le premier axe, on a par
exemple une combinaison lineaire qui s'ecrit :
S=0.8Var1+0.2Var2+0.001Var3
Si ce score est fortement correlé à la variable 3, et pas aux autres il y a
probleme car cette variable n'intervient que très peu dans la définition de
ce score. L'analyse n'est pas stable. Mais l'etude de la stabilité de
l'analyse n'est pas très courante dans les publications.
>Autre détail génant, avec MatAlg, j'obtiens effectivement un fichier avec
>les corrélations entre les codes canoniques (6 colonnes (correspondant aux
>6 variables du milieu) et 3 lignes). Or, (je suis désolé, je débute sur
>ADE4) je ne parviens par à en faire la représentation graphique avec le
>cercle de corrélation!! Comment faut-il procéder?
Autant pour moi.. il faut inverser les tableaux dans MatAlg, i.e. :
matrix X : Milieu.cnta
matrix Y : XXX.ivl1
et utiliser Faune.fcpl comme ponderation des lignes (weight file)
ou bien transposer le tableau obtenu precedemment (cf. 1er mail) par Matalg
Transposition. Il faut les variables de milieu en ligne et les codes en
colonne.
>D'autre part, je me suis reporté aux explications de D. Chessel du
>03/04/1998, mais je ne comprend pas comment certains vecteurs peuvent
>dépasser le cercle de corrélation.
Ils ne peuvent pas car des correlations par definition sont comprises entre -1
et 1. Si on veut representer les coefficients (ivfa), il n'y aucune raison
de le faire dans un cercle des correlations (car ce ne sont pas des
correlations). Ces coefficients peuvent etre superieurs à 1 ou inferieur à
-1. Le fichier ivfa n'existe que si la matrice de milieu est de rang plein
et donc qu'il existe une solution unique.
>(J'espère que je ne vous ennuie pas trop avec mes questions néophytiques)
Pas du tout !!
Stéphane DRAY
</x-charset>
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