A la question de Michael Aubert je ferais une rponse un peu diffrente de
celle de Sylvain Doledec
>> je veux raliser une analyse de co-inertie en confrontant un jeu de donnes
>> vgtation et deux jeux de donnes environnementales (quantitatives et
>> qualitatives).
>A ma connaissance (et sauf erreur) le test dans le cas d'un couplage
>utilisant une analyse Hill&Smith (qui est dj une sorte de couplage) et une
>ACP ou une AFC du tableau floro-faunistique n'est pas disponible dans l'tat
>actuel de l'option.
La procdure de couplage en co-inertie est trs gnrale et, en principe,
tolre tout ce qu'on veut.
La seule contrainte, comme il a t souvent dit, est que les deux triplets
aient la mme pondration des lignes.
Il convient de choisir des analyses compatibles techniquement et sur le
fond. Coupler par les relevs en co-inertie revient coordonner deux
typologies de lignes. Il faut donc utiliser une analyse du tableau de
milieu faite pour faire une typologie de lignes (relevs). En ce sens
Hill&Smith convient. Il faut aussi utiliser une analyse du tableau de
vgtation faite pour faire une typologie de lignes (relevs). En ce sens
l'AFC est contestable (elle fait une double typologie dont l'une est
inutile) comme une analyse sur les profils espces (qui fait une typologie
d'espces) et l'ACP centre sur les profils ligne (ou sur les donnes
suivant les cas) convient.
En cas de couplages originaux, il vaut mieux simplifier la demande et
comprendre le pourquoi de certaines incompatibilit. X1 est le tableau des
variables de milieu quantitatives et X1.cnta son analyse avec une
pondration uniforme des lignes. X2 est le tableau de milieu des variables
de milieu qualitatives et X2.cmta son analyse avec une pondration uniforme
des lignes. X.hita est l'analyse du couple qui a conserv la pondration
uniforme des lignes commune aux deux composantes. Y est le tableau de
vgtation, YPC est le tableau des profils lignes (Bin->Bin:Frequencies
option en pourcentage par ligne) et YCP.cpta son analyse avec une
pondration uniforme des lignes. Rien n'empche de coupler
(CoInertia:Matching two statistical triplets) X.hita et YPC.cpta et de
faire l'analyse.
Exemple carte Dune+1 (Jongman, R.H., ter Braak, C.J.F. & van Tongeren,
O.F.R. (1987) Data analysis in community and landscape ecology. Pudoc,
Wageningen. 1-298). PCA:Correlation matrix PCA sur Quan, CategVar:Read
Categ File et MCA:Multiple Correspondence Analysis sur Qual,
MCA:Hill&Smith Analysis sur le couple donne A.hita, PCA:Covariance
matrix PCA sur Flore, CoInertia:Matching two statistical triplets sur
X.hita et Flore.cpta donne A.iima fonctionne et convient.
La difficult va porter sur le test. L'analyse hi n'est pas rpertorie
dans les analyses de base qui permette un recentrage automatique. Ceci ne
pose pas de problmes avec les pondrations uniformes car on permute
directement les tableaux centrs. Les trois tests CoInertia:Coinertia test
- Fixed D, CoInertia:Coinertia test - Fixed Tab 1 et CoInertia:Coinertia
test - Fixed Tab 2 marchent et donne le mme rsultat. Donc un couplage
simple avec une analyse de Hill & Smith est possible.
Si on veut plus compliqu c'est encore faisable dans certains cas. Par
exemple on a une pondration externe aux donnes qu'on veut imposer au
couples. Il faut imposer cette pondration dans PCA:Correlation matrix PCA
sur Quan, dans MCA:Multiple Correspondence Analysis sur Qual et elle sera
importe dans MCA:Hill&Smith Analysis sur le couple. Si on imposait
cette pondration dans PCA:Covariance matrix PCA sur Flore le couplage
serait possible mais seul le test qui permute Flore dans le couplage
fonctionnerait (l'analyse cp tolre les recentrages). Il faudrait fixer le
tableau hi (soit le 1 ou le 2 suivant les dimensions). Si on imposait la
pondration dans HTA:Double centring additive sur Flore, le couplage
serait possible mais le test est impossible car ni l'analyse hi ni
l'analyse ca ne tolrent les recentrages automatiques.
En bref, Hill&Smith et Coinertia sont compatibles et le problme de Michael
Aubert n'est pas de fond.
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IMPORTANT
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Il arrive qu'on ait des ennuis en baladant les fichiers la main. Un
fichier du type iima contient des adresses :
E:\Ade4\DUNE\X.hita
E:\Ade4\DUNE\Flore.cpta
Si on renomme un dossier ou qu'on dplace (par exemple, on change de
machine) un dossier complet ces adresses deviennent errones.
A viter
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biomtrie et Biologie Evolutive - Bt 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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