A la question de Michael Aubert je ferais une réponse un peu différente de
celle de Sylvain Doledec
>> je veux réaliser une analyse de co-inertie en confrontant un jeu de données
>> végétation et deux jeux de données environnementales (quantitatives et
>> qualitatives).
>A ma connaissance (et sauf erreur) le test dans le cas d'un couplage
>utilisant une analyse Hill&Smith (qui est déjà une sorte de couplage) et une
>ACP ou une AFC du tableau floro-faunistique n'est pas disponible dans l'état
>actuel de l'option.
La procédure de couplage en co-inertie est très générale et, en principe,
tolère tout ce qu'on veut.
La seule contrainte, comme il a été souvent dit, est que les deux triplets
aient la même pondération des lignes.
Il convient de choisir des analyses compatibles techniquement et sur le
fond. Coupler par les relevés en co-inertie revient à coordonner deux
typologies de lignes. Il faut donc utiliser une analyse du tableau de
milieu faite pour faire une typologie de lignes (relevés). En ce sens
Hill&Smith convient. Il faut aussi utiliser une analyse du tableau de
végétation faite pour faire une typologie de lignes (relevés). En ce sens
l'AFC est contestable (elle fait une double typologie dont l'une est
inutile) comme une analyse sur les profils espèces (qui fait une typologie
d'espèces) et l'ACP centrée sur les profils ligne (ou sur les données
suivant les cas) convient.
En cas de couplages originaux, il vaut mieux simplifier la demande et
comprendre le pourquoi de certaines incompatibilité. X1 est le tableau des
variables de milieu quantitatives et X1.cnta son analyse avec une
pondération uniforme des lignes. X2 est le tableau de milieu des variables
de milieu qualitatives et X2.cmta son analyse avec une pondération uniforme
des lignes. X.hita est l'analyse du couple qui a conservé la pondération
uniforme des lignes commune aux deux composantes. Y est le tableau de
végétation, YPC est le tableau des profils lignes (Bin->Bin: Frequencies
option en pourcentage par ligne) et YCP.cpta son analyse avec une
pondération uniforme des lignes. Rien n'empèche de coupler
(CoInertia: Matching two statistical triplets) X.hita et YPC.cpta et de
faire l'analyse.
Exemple carte Dune+1 (Jongman, R.H., ter Braak, C.J.F. & van Tongeren,
O.F.R. (1987) Data analysis in community and landscape ecology. Pudoc,
Wageningen. 1-298). PCA: Correlation matrix PCA sur Quan, CategVar: Read
Categ File et MCA: Multiple Correspondence Analysis sur Qual,
MCA: Hill & Smith Analysis sur le couple donne A.hita, PCA: Covariance
matrix PCA sur Flore, CoInertia: Matching two statistical triplets sur
X.hita et Flore.cpta donne A.iima fonctionne et convient.
La difficulté va porter sur le test. L'analyse hi n'est pas répertoriée
dans les analyses de base qui permette un recentrage automatique. Ceci ne
pose pas de problèmes avec les pondérations uniformes car on permute
directement les tableaux centrés. Les trois tests CoInertia: Coinertia test
- Fixed D, CoInertia: Coinertia test - Fixed Tab 1 et CoInertia: Coinertia
test - Fixed Tab 2 marchent et donne le même résultat. Donc un couplage
simple avec une analyse de Hill & Smith est possible.
Si on veut plus compliqué c'est encore faisable dans certains cas. Par
exemple on a une pondération externe aux données qu'on veut imposer au
couples. Il faut imposer cette pondération dans PCA: Correlation matrix PCA
sur Quan, dans MCA: Multiple Correspondence Analysis sur Qual et elle sera
importée dans MCA: Hill & Smith Analysis sur le couple. Si on imposait
cette pondération dans PCA: Covariance matrix PCA sur Flore le couplage
serait possible mais seul le test qui permute Flore dans le couplage
fonctionnerait (l'analyse cp tolère les recentrages). Il faudrait fixer le
tableau hi (soit le 1 ou le 2 suivant les dimensions). Si on imposait la
pondération dans HTA: Double centring additive sur Flore, le couplage
serait possible mais le test est impossible car ni l'analyse hi ni
l'analyse ca ne tolèrent les recentrages automatiques.
En bref, Hill&Smith et Coinertia sont compatibles et le problème de Michael
Aubert n'est pas de fond.
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IMPORTANT
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Il arrive qu'on ait des ennuis en baladant les fichiers à la main. Un
fichier du type iima contient des adresses :
E:\Ade4\DUNE\X.hita
E:\Ade4\DUNE\Flore.cpta
Si on renomme un dossier ou qu'on déplace (par exemple, on change de
machine) un dossier complet ces adresses deviennent erronées.
A éviter
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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