Re: double-zeros et ACP

From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Thu Jul 27 2000 - 11:07:04 MET DST


La question de Gael Grenouillet est particulirement pertinente.

Je voudrais rŽpŽter que la majoritŽ des polŽmiques autour de cette question
tiennent ˆ une absence de dŽfinition claire de la classe des individus
statistiques. Potentiellement dans un tableau faunistique il y a trois
familles d'individus.

La premire est celle des relevŽs. L'analyse vise ˆ faire une typologie de
relevŽs, les espces Žtant considŽrŽes comme des variables et ˆ ce titre
peuvent faire l'objet d'une sŽlection. C'est le domaine privilŽgiŽ de l'ACP
classique, particulirement bienvenue quand l'abondance de certains groupes
d'espces varie ensemble (pollution, mŽtŽo, salinitŽ, ariditŽ, ...). Ceci
suppose que zŽro signifie zŽro ou pas grand chose ! Ces individus relevŽs
se retrouvent dans le tableau de milieu et c'est la question standard des
couplages. On trouve ensuite le problme de la valeur typologique des
groupes faunistiques avec k tableaux ayant le mmes individus, le problmes
de k groupes de relevŽs dans k situations diffŽrentes avec les mmes
variables ...

La seconde est celle des espces. Quand on dŽcide de faire des relevŽs ici
ou lˆ et que l'observation fournit une liste de taxa relativement
imprŽvisible, l'univers ŽchantillonnŽ est un ensemble d'espces et les
relevŽs ont le statut de variables. L'analyse vise ˆ faire une typologie de
niches, les relevŽs Žtant un outil. C'est le domaine privilŽgiŽe de la PCO
qui permet de choisir une distance entre espces et celui des
multiscalings. Ces tableaux sont couplŽs avec des tableaux de traits
biologiques ou Žcologiques, on peut comparer des typologies d'espces
acquises dans plusieurs rŽgions, ...

La troisime est celle des occurences. Un individu statistique est alors la
prŽsence d'une espce dans un relevŽ, deux occurences sont diffŽrentes soit
par le relevŽ, soit par l'espce, soit par les deux. C'est le domaine
privilŽgiŽ de l'AFC qui permet de croiser les questions de de diversitŽ des
relevŽs et d'amplitude d'habitat des espces et qui se poursuit par le
couplage au niveau d'une occurence entre les traits du taxon et les
paramtres de l'environnement. Ce point de vue se poursuit quand il n'y a
plus de relevŽs mais des occurences consignŽs dans les feuilles d'un
herbier ou les collections d'un museum.

Dire qu'il vaut mieux faire, en gŽnŽral, une ACP, ou une AFC ou une PCO est
une bŽtise routinire. Dans une caisse ˆ outils on cherche un objet
essentiellement en fonction de l'objectif ˆ atteindre. Quand on regarde la
caisse pour savoir quel travail on pourrait bien entreprendre, on doit
s'attendre ˆ quelques bizarreries.

L'essentiel dans le choix d'un outil est celui de l'objectif ˆ atteindre.
"Pourquoi pas une ACP ?" est une question posŽe en gŽnŽral ˆ quelqu'un qui
a fait une AFC et "Pourquoi pas une AFC ?" est une question posŽe en
gŽnŽral ˆ quelqu'un qui a fait une ACP. On dit aussi "d'habitude je fais
une AFC mais ce n'Žtait pas joli alors lˆ j'ai fait une ACP" ou "j'ai fait
les deux et ...".

J'ai achetŽ une visseuse et sur la doc il y avait "Ne vous en servez pas
comme d'une marteau". J'ai achetŽ un escabeau et sur la doc il y avait "Le
porte outil tout en haut n'est pas une marche". Le fabricant ne veux pas se
retrouver au tribunal. Bref, on peux toujours planter un clou avec une
pince, c'est efficace, car on a la pince sous la main pour enlever le clou
tordu. C'est exactement comme a quand on fait une ACP sur un tableau
d'avifaune qui indique qu'il y a plus d'oiseaux qui chantent quand il fait
beau et qu'on fait une AFC sur un tableau de poissons qui indique que la
pollution ne modifie pas le cortge faunistique. On peut soit trouver des
trivialitŽs dont on espŽrait se dŽbarrasser soit se dŽbarrasser des
ŽlŽments essentiels qu'on cherchait.

Les contraintes techniques sont des problmes, certainement, mais la
dŽfinition de l'intention en jeu dans la constitution du tableau est le
prŽalable ˆ un choix de mŽthode raisonnŽ.

Bonnes vacances

 
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - BiomŽtrie et Biologie Evolutive - B‰t 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77



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