<x-charset iso-8859-1>Desole de continuer sur ce debat...
Si je peux resumer, au fond, ce probleme des double-zeros chez Legendre ne
resulterait-il pas au fond du postulat suivant, que l'identite des releves
est forcemment conditionnee par l'identite des facteurs environnementaux
presents:
L'identite des releves est conditionnee par l'identite des facteurs
environnementaux presents. En comparant les releves dont beaucoup de
variables (donc les especes) prennent 0, on risque de trouver dans
l'ordination des points tres rapproches dans le diagramme d'ordination de
l'ACP? On interpretera que les releves sont identiques du point de vue de
leur abondance. Mais, et c'est la le probleme, cela ne veut pas dire que les
facteurs environnementaux presents sont identiques (les especes ont une
distribution unimodale) et la ca pose probleme pour Legendre, puisque
lorsqu'il y a identite de deux releves, il y a forcemment identite de
facteurs environnementaux... Et la, il y a evidemment quelque chose qui ne
tourne pas rond. Bref, le probleme n'est pas simple!
Avec mes salutations, Patrick Bungener
-----Message d'origine-----
De : owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
[mailto:owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr]De la part de Daniel
Chessel
Envoyé : jeudi, 27. juillet 2000 11:07
À : adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
Objet : Re: double-zeros et ACP
La question de Gael Grenouillet est particulièrement pertinente.
Je voudrais répéter que la majorité des polémiques autour de cette question
tiennent à une absence de définition claire de la classe des individus
statistiques. Potentiellement dans un tableau faunistique il y a trois
familles d'individus.
La première est celle des relevés. L'analyse vise à faire une typologie de
relevés, les espèces étant considérées comme des variables et à ce titre
peuvent faire l'objet d'une sélection. C'est le domaine privilégié de l'ACP
classique, particulièrement bienvenue quand l'abondance de certains groupes
d'espèces varie ensemble (pollution, météo, salinité, aridité, ...). Ceci
suppose que zéro signifie zéro ou pas grand chose ! Ces individus relevés
se retrouvent dans le tableau de milieu et c'est la question standard des
couplages. On trouve ensuite le problème de la valeur typologique des
groupes faunistiques avec k tableaux ayant le mêmes individus, le problèmes
de k groupes de relevés dans k situations différentes avec les mêmes
variables ...
La seconde est celle des espèces. Quand on décide de faire des relevés ici
ou là et que l'observation fournit une liste de taxa relativement
imprévisible, l'univers échantillonné est un ensemble d'espèces et les
relevés ont le statut de variables. L'analyse vise à faire une typologie de
niches, les relevés étant un outil. C'est le domaine privilégiée de la PCO
qui permet de choisir une distance entre espèces et celui des
multiscalings. Ces tableaux sont couplés avec des tableaux de traits
biologiques ou écologiques, on peut comparer des typologies d'espèces
acquises dans plusieurs régions, ...
La troisième est celle des occurences. Un individu statistique est alors la
présence d'une espèce dans un relevé, deux occurences sont différentes soit
par le relevé, soit par l'espèce, soit par les deux. C'est le domaine
privilégié de l'AFC qui permet de croiser les questions de de diversité des
relevés et d'amplitude d'habitat des espèces et qui se poursuit par le
couplage au niveau d'une occurence entre les traits du taxon et les
paramètres de l'environnement. Ce point de vue se poursuit quand il n'y a
plus de relevés mais des occurences consignés dans les feuilles d'un
herbier ou les collections d'un museum.
Dire qu'il vaut mieux faire, en général, une ACP, ou une AFC ou une PCO est
une bétise routinière. Dans une caisse à outils on cherche un objet
essentiellement en fonction de l'objectif à atteindre. Quand on regarde la
caisse pour savoir quel travail on pourrait bien entreprendre, on doit
s'attendre à quelques bizarreries.
L'essentiel dans le choix d'un outil est celui de l'objectif à atteindre.
"Pourquoi pas une ACP ?" est une question posée en général à quelqu'un qui
a fait une AFC et "Pourquoi pas une AFC ?" est une question posée en
général à quelqu'un qui a fait une ACP. On dit aussi "d'habitude je fais
une AFC mais ce n'était pas joli alors là j'ai fait une ACP" ou "j'ai fait
les deux et ...".
J'ai acheté une visseuse et sur la doc il y avait "Ne vous en servez pas
comme d'une marteau". J'ai acheté un escabeau et sur la doc il y avait "Le
porte outil tout en haut n'est pas une marche". Le fabricant ne veux pas se
retrouver au tribunal. Bref, on peux toujours planter un clou avec une
pince, c'est efficace, car on a la pince sous la main pour enlever le clou
tordu. C'est exactement comme ça quand on fait une ACP sur un tableau
d'avifaune qui indique qu'il y a plus d'oiseaux qui chantent quand il fait
beau et qu'on fait une AFC sur un tableau de poissons qui indique que la
pollution ne modifie pas le cortège faunistique. On peut soit trouver des
trivialités dont on espérait se débarrasser soit se débarrasser des
éléments essentiels qu'on cherchait.
Les contraintes techniques sont des problèmes, certainement, mais la
définition de l'intention en jeu dans la constitution du tableau est le
préalable à un choix de méthode raisonné.
Bonnes vacances
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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