Deux questions qui m'ont été posées directement peuvent intéresser tous les
utilisateurs.
La première concerne les limites d'ADE-4, par exemple comment faire une AFC
avec 5000 lignes et 5000 colonnes
De la part de Miguel B. Araujo (araujo@cefe.cnrs-mop.fr)
> I was trying to perform some ordinations (CA) of European plant data
> with Ade4, but the program says the file is too large. I have a matrix of
> 2362 species by 2500 areas, with nearly 900,000 nonzero records.
> How feasible to you think it would be for you to compile Ade4 for these
> numbers?
Le module COA (ou un autre) ne posera pas de problèmes. Les limites sont
celles de la machine.
Sous MacOS on attribuera de la mémoire autant que possible.
Sous Windows, ce n'est pas la peine. L'allocation se fera tant que possible.
Par contre, la question se posera dans le transfert ASCII-Binaire pour
entrer dans ADE-4.
TextToBin: Text->Binary actuellement lit au plus
#define MAXLINELENGTH 4096 (4096 charactères par lignes et 16384 lignes)
#define MAXLINENUMBER 16384
Pour contourner le problème on peut diviser le fichier Excel en morceaux
plus petits
Passer les éléments en binaire et assembler les résultats par
FilesUtil: PasteFiles-SameRow
FilesUtil: PasteFiles-SameCol
Avec ces modules vous pouvez assembler jusqu'à 8 fichiers d'un coup par les
lignes ou les colonnes
En biologie moléculaire on a constitué ainsi des fichiers de 70 000 lignes
sans problèmes
La seconde concerne un gag souvent rencontré avec un module quelconque
De la part de David Chollet (david_chollet@hotmail.com)
> j' ai envoyé un mail concernant un problème sur l'option table avering
dans le module statis.
> Une personne m'a proposé une solution (pas d'espace dans les noms de
fichiers) mais malheureusement le problème ne vient pas de là.
> Voici les opérations successives que je fais:
> 1) dans le module TexttoBin: je transforme les fichiers données.txt et
nbligne.txt. Les fichiers données.bin et nbligne.bin sont crées.
> 2) dans le module KTabUtil: j'applique la fonction InitKtab au fichier
données.bin. Le fichier données.ktp est créé.
> 3) toujours dans le module KTabUtil: j'applique la fonction COAKtab au
fichier données.ktp avec comme matrice d'entrée le fichier données.bin. Le
fichier données.ktta est créé
> 4) dans le module statis: je veux appliquer la fonction operating
avering donc j'utilise le fichier données.ktta mais en validant sur OK une
fenêtre apparaît avec le message: error can't open ascii input file(ouvlec)
Le problème vient du 1). Avant d'aller plus loin, essayer de ne JAMAIS
utiliser en entrée des fichiers binaires avec un point d'extension.
C'est un bug sous windows : le filtre ne vous empèche pas de choisir des
fichiers xxx.bin qui va donner des xxx.bin.#### qui peuvent créer des
problèmes. Le module adetrans transforme toujours un xxx.txt en xxx ou un
xxx en xxx.txt. L'extension .bin est à éviter absoluement.
Jean Thioulouse prépare des modifications pour que ce problème ne se pose
plus. En attendant il faut fabriquer des fichiers binaires sans point
d'extension systématiquement.
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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