At 19:28 08/06/2001 +0200, FLORES Olivier wrote:
>Je souhaite traiter une table de contingence pour des especes
>vegetales par une AFC en utilisant ADE-4. Mon probleme:
>- certaines especes (ligneuses) sont relevees en abondance
>- les especes herbacees sont relevees en terme de presence-
>absence.
>
>Est-il statistiquement soutenable de traiter ces deux types
>d'information dans une meme AFC? ou faut-il separer en deux AFC
>si on ne souhaite pas perdre l'information quantitative?
Non, ce n'est pas statisquement soutenable, bien que cette notion soit un
peu floue.
On peut s'en référer à Benzecri, J.P. & Coll. (1973) L'analyse des données.
II L'analyse des correspondances. Bordas, Paris. 1-620.
"En appliquant à tous les tableaux de contingence une méthode conçue
d'abord en vue des tableaux de fréquences, on s'est appliqué à maintenir
vis-à-vis des données deux exigences : homogénéité - exhaustivité.
Homogénéité : toutes les grandeurs recensées dans le tableau sont des
quantités de même nature.
Exhaustivité : les ensembles I et J (les marges du tableau) représentent un
inventaire complet d'un domaine réel dont le cadre n'est guère discutable..."
Lire la suite p.21
Une ou deux analyses peuvent se concevoir suivant le contexte.
>Est-ce plus raisonnable de tout traiter en presence-absence (avec
>perte d'information)?
Le tout en présence_absence est la solution générale. La perte est en
général très faible du point de vue de l'AFC. Ceci est très important.
Faire une ordination du tableau, c'est faire la synthèse d'une multitude de
différences qui peuvent être toutes assez fausses. Le but est
l'organisation globale de ces différences. La structure se conserve en
altérant les données. Ceci indique qu'une méthode d'ordination a un
objectif très précis et n'est pas une panacée généraliste. Elle cherche
quelque chose qui dépend peu de chacune des valeurs mais ne s'occupe que du
mode d'organisation global de la variabilité.
>Alternative:
>Est-il possible de mélanger les deux types d'information en utilisant
>la notion de "pseudo-species levels"?
Tout est devenu possible depuis longtemps en écologie.
>Autre question concernant la significativité des résultats d'une
>AFCVI cette fois:
>Comment peut-on tester la significativité du pourcentage de
>variance expliquée?
On teste la signification de l'inertie projetée par Projectors: Subspace
Test, l'AFCVI étant un cas particulier d'ACPVI. Tester les valeurs propres
une par une, ou les espèces, ou les variables ou les effets partiels sont
beaucoup plus délicats et souvent cela n'a pas de sens. On peut dire que
AFC ou AFCVI donne des images de synthèses de mode d'organisation. Si on
n'est pas certain que ce mode d'organisation existe, il faut faire autre
chose. Je pense personnellement que tester l'existence d'une structure dans
une enquête écologique, c'est s'interroger sur la santé de l'écologue. Il
arrive qu'il n'y ait pas de liens significatifs entre une liste d'espèces
et un paquet de variables environnementales : c'est le cas quand il y a 200
espèces, 20 variables et 10 sites. Mais ce n'est pas sérieux.
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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