At 14:14 26/06/2001 +0200, Yorick REYJOL écrit:
>Bonjour,
>
>je suis en train de réaliser des ACC avec ADE pour analyser des relations
>poissons-habitat sur 2 stations (débit naturel, débit réservé) dans la
>Garonne.
>
>Je viens d'en réaliser 2 (une par station), et un problème se pose à moi
>pour l'une des 2 : le fichier ivfa, qui me sert à représenter mes espèces,
>n'apparaît plus dans l'analyse, qui me donne à la place les fichiers suivants:
>
>Comment cela-se fait-il ? Je suppose que c'est un problème lié à ma matrice ?
Tout-à-fait, voir
http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/adelisthtmlannuel/99/0169.html
En plus le fichier ivfa donne les coefficients des combinaisons de
variables explicatives (quand cela a un sens).
Les espèces sont des variables explicatives ? En général c'est le contraire.
>De plus, j'avais déjà réalisé des ACC avec CANOCO, et alors que ce logiciel
>me donne 35 % d'inertie expliquée sur F1*F2, ADE m'en donne lui 75 % !
>Quelle est donc l'explication ? Y-a-t-il un facteur multiplicatif
>particulier utilisé dans ADE ?
Non, il n'y a pas de bouton bonus dans ADE-4.
Ceci peut arriver si on compare des projections sur des sous-espaces par
des variables centrées ou non.
Voir http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/adelisthtmlannuel/01/0097.html
L'équivalent d'une ACC sous CANOCO est la projection d'un tableau d'AFC
(.fcta) sur le sous-espace engendré par un tableau d'ACP normée
(.cnta). Commencer par refaire l'exemple de la carte Banyuls (Lebreton,
J.D., Sabatier, R., Banco, G. & Bacou, A.M. (1991) Principal component and
correspondence analyses with respect to instrumental variables : an
overview of their role in studies of structure-activity and species-
environment relationships. In : Applied Multivariate Analysis in SAR and
Environmental Studies. Devillers, J. & Karcher, W. (Eds.) Kluwer Academic
Publishers. 85-114) et comparer les sorties de CANOCO, celle de BIOMECO
(dans l'article) et celle de ADE-4.
Utiliser ensuite ses propres données.
Pour plus de sureté utiliser plutôt CCA: Initialize explanatory variables
ce qui revient à enchaîner
1) COA: COrrespondence Analysis sur le tableau sites-espèces
2) PCA: Correlation matrix PCA sur le tableau sites-variables avec
introduction de la pondération .fcpl
3) Projectors: Triplet->Orthonormal Basis sur le .cnta
4) Projectors: PCA on Instrumental Variables sur le ob de 3) et le .fcta de 1)
en 2) on peut mettre une ACP centrée (.cpta), une ACM (.cmta), une ACF
(.flta) ou une analyse mixte (.hsta)
Si on part sur Projectors: Table->Orthonormal Basis sans centrage
préalable, on fait autre chose que de la CCA
(peut être utile ou tout-à-fait sans signification)
>Enfin, je voudrais savoir quelle est la manip à faire pour représenter les
>corrélations poissons-habitat plutôt qu'avoir les contributions ? La
>question est mal formulée, mais je pense que vous aurez compris.
On commence par représenter la distribution de chaque espèce pour chaque
variable, ensuite la distribution de chaque espèce sur les coordonnées de
l'analyse du tableau de milieu, ensuite la répartition des espèces sur les
scores optimaux. Si on a des doutes parce que ce n'est pas clair, on
utilise un logiciel de statistique inférentielle pour être faire des tests
par espèces ... On peut aussi lire la doc d'ADE-4, il y a des exemples dans
des conditions numériques variées.
>Je vous remercie par avance de l'attention que vous porterez à ma demande,
>
>Yorick REYJOL
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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