>Bonjour,
>Je cherche à réaliser un graph présentant l'ordination des espèces le long
>du premier axe de la RLQ (fig17 le thema 4.4 "triplet d'analyse des
>correspondances"). Mais d'après la documentation, pour le réaliser il faut
>utiliser la pile "ADE.OLD" que je ne trouve pas dans mes fichiers ZZ4STA.
>Par contre TabMeanVar existe dans le module Table mais je ne parviens pas à
>obtenir la figure en question avec. Comment faut-il procéder pour réaliser
>ce graph ?
Cette question a été posée sur ce forum et a obtenu la réponse suivante de
Sylvain Dolédec (9/10/2000) :
Il y a eu effectivement d'importants changements entre la version actuelle
et la version qui permettait de réaliser les graphiques RLQ dans la doc de
1996-97. Bon... on peut s'en sortir de la manière suivante. Le programme
Tables:TabMeanVar permet de faire l'équivalent de la figure 17 de la doc
(averaging d'espèce sur un gradient de relevés). Il suffit d'utiliser le
paramétrage suivant (Les noms de fichiers seront bien entendu ceux que vous
aurez choisis):
Input table File : AuFau (tableau faunistique)
X-position file : MoyCond (fichier des moyennes conditionnelles par espèces
obtenues par MatAlg: Diagonal Inner Product)
Y-position file : A.&&L1 (fichier des coordonnées des relevés dans la RLQ)
Utiliser ranking sur les X et ordination sur les Y.
Copier-Coller dans un logiciel de dessin. Il suffit d'une petite rotation de
90° dans le sens des aiguilles d'une montre pour obtenir la figure 17. (On
peut faire un "étiquetage espèces" avec graph1D: labels en utilisant le
fichier MoyCond et ules noms d'espèces. Attention de faire une rotation à
180° dans le sens des aiguilles d'une montre pour les mettre en
correspondance avec le graphe précédent. Utiliser les commandes miroir
vertical ou horizontal sur votre logiciel graphique).
L'équivalent de la figure 18 peut être obtenue avec le module TabCat.
L'option TabCat: Values permet de positionner les valeurs des poids des
variables en utilisant les positions moyennes des espèces. Il faut utiliser
le même dialogue qu'à la page 59 de la doc :
---.cat file : AuEsp.Cat (tableau de catégories associées aux traits des
espèces)
Option: Row score X : MoyCond (fichier des moyennes conditionnelles par
espèces obtenues par MatAlg: Diagonal Inner Product)
Option: Row weight file : AuEsp.cmpl (fichier des poids de l'ACM des traits)
Pour obtenir un résumé de ces distributions, il faut utiliser TabCat:
MeanVar avec le même dialogue d'entrée. On obtient la position des
catégories de traits à la moyenne de leur distribution parmi les espèces et
on a en plus une idée de l'amplitude de distribution. On vérifie que ces
résultats sont conformes à ceux obtenus à la Figure 18 de la doc (sans les
histogrammes).
En superposant les résultats de TabCat: Values et de TabCat: MeanVar on a
l'intégralité de l'opération d'averaging.
Voilà j'espère que ces informations tardives seront utiles malgré tout.
------
>
>Je ne parviens pas non plus à faire la CAH (classification ascendante
>hiérarchique) sur les coordonnées des espèces dans l'analyse RLQ. J'utilise
>"clusters":
>- "compute distance" avec RLQ&&l2 et Chi2
>- puis "compute hierarchy" avec RLQ&&2.dist et "4 : second order moment
>(wards method)"
>A ce stade le programme se bloque. Quel peut-être l'origine du problème ?
>
Dans la version actuelle d'ADE-4, la CAH par méthode de Ward doit etre
effectuee sur le tableau de données (pour vous les coordonnées des espèces
dans l'analyse RLQ), et non sur une matrice de distance. C'est peut-etre
l'origine de votre probleme.
Amicalement,
Monique SIMIER, IRD (ex ORSTOM)
******** Nouvelles coordonnées *********
Centre de Recherche Halieutique IFREMER/IRD
Avenue Jean Monnet - B.P. 171
34203, Sète Cédex - France
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