>At 12:28 04/02/2002 +0100, emmanuel.corcket wrote:
>Bonjour,
>
>J'ai un petit problème de conscience en ce qui concerne le
>couplage d'analyses et mes lectures n'ont pas suffi à dissiper
>mes doutes...
>
>J'étudie les changements floristiques survenus entre 1938 et
>2001 sur 39 placettes (donc deux tableaux relevés-espèces).
>L'emplacement des placettes est bien sûr identique entre ces
>deux dates. ADE propose des outils fantastiques pour le
>traitement de tableaux appariés (étude de co-structure, ou
>encore option PCA normed Y(i,j)-X(i,j) pour la normalisation
>des différences) mais à condition de réaliser des ACP (notice
>d'ADE, paragraphes 41, 46).
>
>Question sans doute triviale : puis-je utiliser sans problèmes
>ces procédures qui reviennent à réaliser des ACP sur des
>tableaux relevés-espèces alors que de l'avis semble-t-il
>général (Dagnélie 1975, Lefebvre 1976, Lebreton et Yoccoz,
>1987) les AFC semblent bien mieux adaptées ? Exise-t-il un
>moyen de réaliser des analyses de co-structure et de mettre en
>évidence des différences entre deux AFC ?
Très belle question !
L'avis général en matière de traitement de tableaux floristique est loin
d'exister.
Les referees utilisent régulièrement les remarques
pourquoi pas une AFC en lieu de l'ACP ?
pourquoi pas une ACP en lieu de l'AFC ?
pourquoi pas une PCO, un NMDS, une detrended, ...
Il est toujours possible de trouver des situations et des arguments qui
justifient l'un plutôt que l'autre mais aucun des arguments n'est universel.
Par exemple l'AFC s'impose sur l'avifaune à cause de la contraint météo
Si le temps ne s'y prête pas, les erreurs par défaut sont importantes.
Cet argument ne joue pas sur la végétation.
Cet argument est fatal sur les indicateurs de pollution ou de facteurs
limitants.
La question est souvent celle des absences de taxa :
erreurs aléatoires pour les uns, éléments de perturbation des données pour
les autres, informations fondamentales pour les troisièmes, ...
Le propre de l'AFC est de ne travailler que sur les présences. La preuve,
quand un relevé ne contient qu'une espèce présente dans ce seul relevé,
l'AFC trouve cela follement original et en fait le facteur 1. Quand on sort
des vraies tables de contingence, l'AFC ne s'impose pas simplement. C'est
une option.
Sa spécificité est d'utiliser deux pondérations (ou leurs inverses comme
métrique dites du khi2) qui dérivent des données. D'où la difficulté
intrinsèque d'assembler des AFC soit pour en chercher les éléments communs,
soit pour en chercher les différences. En particulier, pour les
différences, on demande au site i échantillonné deux fois de se retrouver
dans le même espace dans les deux analyses pour voir comment globalement
comment se sont déplacés les points. Or chaque AFC apporte dans cet espace
sa propre métrique ce qui rend incomparable les points de vue. On retrouve
ceci en CCA où, pour respecter la pondération de l'AFC, on va recentrer et
renormer les variables de milieu avec cette pondération, ce qui est loin
d'être neutre. Un tableau est nécessairement déformé pour s'associer avec
une AFC.
D'où deux possibilités. Soit perdre des propriétés des analyses de base
pour les rendre manipulables ensemble (c'est la cas de STATIS: Foucart's
COA qui laissera tomber les différentes pondération pour une sorte de
moyennes, ce qui marche très bien pour associer deux ou plusieurs AFC mêmes
lignes et mêmes colonnes) soit passer dans le domaine de l'ACP qui pose
moins de problèmes. En fait l'AFC a une très grande propriété recherchée
par beaucoup : elle évite toute les questions préalables, ce que c'est
qu'un individu, une variable, ce qu'on veut comme transformation préalable.
Tout ceci est décidé par le programme et évite bien des questions.
Seulement le miracle est limité quand on en a deux, parce que la situation
se complique.
La question est : qu'est ce qu'on cherche dans l'évolution d'un tableau X à
un tableau Y. On peut concevoir que le cortège d'espèces reste le même (ni
entrées, ni sorties) mais que les relevés se déplacent. On peut faire une
ACP en pourcentage par ligne (espèces en colonnes) et faire l'ACP de la
différence. Les espèces servent de référence et on cherche une direction
globale d'évolution.
On peut penser le contraire. Les sites sont les mêmes. Ils restent en
place. Les profils de distributions des espèces évoluent. On peut faire une
ACP de la différence des deux tableaux de profils par espèces et chercher
une direction globale de glissement des espèces.
On peut compliquer espace stable et flore instable : cartographie
d'évolution, espace instable et flore stable : évolution de cartographie,
ou encore ce peut être la relation qui bouge, l'amplitude des espèces (qui
augmentent ou diminue), la diversité de l'environnement (uniformisation ou
parcellisation), le mode d'assemblage des taxons, la structure du tableau
qui s'affaiblit ou se renforce ...
Difficile de croire qu'il y aurait une bonne méthode pour faire tout ça.
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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