At 11:56 25/06/2002 +0200, Yorick REYJOL wrote:
>je dispose d'un jeu de données microhabitat-espèces de poissons, pour 2
>années, 3 saisons par année, 6 stations par saison et 2 faciès par station.
>
>Mon objectif est de réaliser des ACP inter-intras successives, afin de
>disposer du pourcentage de variabilité expliqué par chaque variable, puis
>de réaliser une ACC espèces microhabitat sur la matrice centrée par année,
>saison, station puis faciès, afin de ne plus se focaliser que sur l'échelle
>du microhabitat.
>
>je procède de la façon suivante :
>Covariance PCA sur la matrice poissons globale;
>Discrimin; initialize link prep avec le fichier issu de la PCA (.cnta)
On ne sait pas quel est le type des mesures faunistiques (dénombrements,
abondance, biomasse,
présence-absence, fréquences de points occupés, ...
En général, on ne normalise pas les données faunistiques
>Between analysis test puis run avec le .dis
>Within analysis test avec le .dis
Within analysis test n'existe pas
Je suppose que c'est Discrimin: Within Analysis: Run
>puis je recommence la même procédure avec le .whta obtenu pour la saison,
>puis pour la la station et enfin pour le faciès. Lorsque je fais des PCA
>sur un fichier centré-réduit, j'obtiens un .whta.cnta, que j'utilise par la
>suite dans le module discrimin. Est-ce-normal ?
Pas du tout, mais les enchaînements décrits sont bizarres et peu
documentés, difficile de voir de quoi il s'agit
>Lorsque j'ai fini mes centrages successifs pour la matrice poissons,
on peut donc concevoir qu'il s'agit d'intra d'intra ce qui est très
original mais franchement pas orthodoxe
et qui se termine par une analyse simple ce qui est franchement pittoresque
>je fais la même chose pour la matrice habitat, mais avec une Correlation PCA.
>Ceci pour disposer de fichier habitat et poissons centrés jusqu'au
>microhabitat, pour réaliser une CCA.
ça promet
>Et là, pb, mon dernier fichier centré-réduit contenant des valeurs
>négatives, la CoA requise pour la CCA ne fonctionne pas. Comment procéder ?
La première chose à faire est de suivre un cours d'analyse de données pour
avoir un minimum de formation.
>D'autre part, dans le cadre des CCA, vous conseillez dans un article de
>Chessel et al. 1987 d'éliminer les points "vides". Or, dans une review
>récente, un reviewer me fait remarquer que des travaux récents montrent
>que, dans le cadre du débat sur l'habitat disponible et l'habitat utilisé,
>mieux vaut garder les points "vides" dans l'analyse. Qu'en pensez-vous et
>pouvez-vous me donner des références qui plaident en ce sens ?
Le reviewer a évidemment raison, si l'objectif est de comparer l'habitat
disponible et l'habitat utilisé il faut évidemment garder les points vide
et ...
surtout ne pas utiliser de CCA qui a un objectif complètement différent
(séparer les niches dans l'habitat utilisé), encore moins sur un tableau
faunistique normalisé qui est totalement étranger à la CCA, encore moins
après une série de centrages préalables qui détruisent les données.
Les possibilités d'assemblage des procédures ouvertes dans ADE-4 implique
un minimum de formation ou de prudence
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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