Cher Monsieur Chessel,
je dispose d'un jeu de données microhabitat-espèces de poissons, pour 2
années, 3 saisons par année, 6 stations par saison et 2 faciès par station.
Mon objectif est de réaliser des ACP inter-intras successives, afin de
disposer du pourcentage de variabilité expliqué par chaque variable, puis
de réaliser une ACC espèces microhabitat sur la matrice centrée par année,
saison, station puis faciès, afin de ne plus se focaliser que sur l'échelle
du microhabitat.
je procède de la façon suivante :
Covariance PCA sur la matrice poissons globale;
Discrimin; initialize link prep avec le fichier issu de la PCA (.cnta)
Between analysis test puis run avec le .dis
Within analysis test avec le .dis
puis je recommence la même procédure avec le .whta obtenu pour la saison,
puis pour la la station et enfin pour le faciès. Lorsque je fais des PCA
sur un fichier centré-réduit, j'obtiens un .whta.cnta, que j'utilise par la
suite dans le module discrimin. Est-ce-normal ?
Lorsque j'ai fini mes centrages successifs pour la matrice poissons, je
fais la même chose pour la matrice habitat, mais avec une Correlation PCA.
Ceci pour disposer de fichier habitat et poissons centrés jusqu'au
microhabitat, pour réaliser une CCA.
Et là, pb, mon dernier fichier centré-réduit contenant des valeurs
négatives, la CoA requise pour la CCA ne fonctionne pas. Comment procéder ?
D'autre part, dans le cadre des CCA, vous conseillez dans un article de
Chessel et al. 1987 d'éliminer les points "vides". Or, dans une review
récente, un reviewer me fait remarquer que des travaux récents montrent
que, dans le cadre du débat sur l'habitat disponible et l'habitat utilisé,
mieux vaut garder les points "vides" dans l'analyse. Qu'en pensez-vous et
pouvez-vous me donner des références qui plaident en ce sens ?
Cordialement,
Yorick REYJOL
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