Quelques élements de réponse...
En fait, le problème est de savoir si les matrices de distance
calculées avec le tableau ou les coordonnées sont identiques.
Si on fait une acp (metrique identité).
Prendre le tableau centré (.ta) ou l'ensemble des coordonnées des
lignes (.li) renvoie les mêmes résultats.
Pour le cas de l'afc, c'est un peu plus complexe car elle utilise la
metrique du chi2. Calculer la distance du Chi2 sur le tableaux
originale ou la distance euclidienne sur les coordonnées renvoie la
même matrice de distance.
Il est également possible de transformer le tableau de données X en
X' afin que la distance euclidienne mesuré sur X' correspond à la
distance du chi2 mesuré sur X (cf. Legendre et Gallagher 2001,
Oecologia, 129: 271-280). Dans ce cas, mesurer une distance avec X'
equivaut à mesurer une distance avec les coordonnées.
En résumé, l'afc puis CAH sur toutes les coordonnées est différent de
cah sur le tableau si on garde la même distance. C'est pareil si on
fait le bon choix de distance (euclidienne pour coordonnées, chi2
pour le tableau) et ca sera toujours différent si on prend pas
l'ensemble des coordonnées.
Après, on peut se poser la question sur l'utilité (et la
signification) de recalculer des distances (Ward) sur des données
transformées par le chi2..
Cordialement.
>Bonjour.
>
>J'ai un problème a résoudre pour lequel j'ai reçu deux
>avis différents. Pourriez vous m'aider en m'éclairant
>de vos lumières.
>
>Je cherche à mettre en évidence des groupes de relevés
>de végétation en fonction de leur composition
>floristique.
>Je dispose pour cela d'un tableau Relevés / Espèces
>(relevés en lignes), chaque espèce apparaissant dans
>les relevés suivant un indice d'abondance.
>
>La solution proposée, est de réaliser une AFC pour
>laquelle on conserve un maximun d'axes factoriels,
>puis d'utiliser les coordonnées des relevés sur
>l'ensemble de ces axes pour réaliser une CAH (méthode
>de Ward).
>La critique qui est faite est la suivante : pourquoi
>réaliser une AFC si l'on conserve tous les axes ?
>pourquoi ne pas tout simplement réaliser une CAH sur
>le tableau initial pour lequel on calcule une matrice
>de distance ?
>
>Merci d'avance pour vos remarques et vos explications.
>
>Joseph Le Cuziat.
>
>
>=====
>----------------------------------------------
>Joseph LE CUZIAT
>
>IMEP, FST St Jérôme, case 461, 13397 Marseille cedex 20, FRANCE
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