At 21:26 06/02/2003 +0000, Olivier Beauchard wrote:
>Bonjour,
>
>Je dispose:
>
>1) d’un tableau faunistique présentant en ligne des taxons et en colonne des sites ; les données ne révèlent pas l’abondance mais seulement la présence/absence des taxons aux sites
>
>2) d’un tableau de traits biologiques et écologiques présentant en ligne les taxons et en colonne des blocs de variables (1 trait = 1 bloc de variables en codage flou)
>
>Le but est de mettre en évidence les traits les plus associés (= les plus « couplés ») à la faune, sachant que ces traits sont très nombreux et peut-être pas tous explicatifs de la structure faunistique.
>
>Sachant que ce sont les blocs qui m'intéressent plutot que les variables individuellement, j’ai choisi d’utiliser la méthode des K+1 tableaux, notamment après avoir vérifier que certaines analyses comme l’ACPfloue ou l’ACF ne permettent pas de récupérer autant d’information bio-écologique sur les premiers axes que n’en récupère un Ktableau ; excepté peut-être l’ACPfloue à quelques % près mais qui présente le désagrément technique de favoriser sur les 1ers axes la représentation des traits à seulement 2 ou 3 variables (ceci semble en accord avec les remarques de la fiche thema5D).
>
>J’ai donc initialiser un Ktableau présentant les blocs en ligne et les taxons en colonne, et pourvu d’un centrage par ligne.
>Dans le menu K+1\Initialize, j’ai couplé ce tableau (*.ktta) avec l’AFC du tableau faunistique (*.fcta). Puisqu’il s’agit d’une AFC, j’ai pris soin de pondérer précédemment les colonnes-taxons de *.ktta par les poids des lignes-taxon de *.fcta (égalité *.ktpc - *.fcpl). J’obtient ensuite le listing de l’analyse et notamment les coefficients RV associés aux analyses de co-inertie. Malheureusement, je n’arrive pas à tester ces coefficients au moyen du test prévu à cet effet dans le menu K+1\RV_test ; une fenêtre d’avertissement signal « non uniform row weight ».
>
>Ai-je fait une erreur dans ma démarche pour que cette opération ne fonctionne pas ?
L'exposé des motifs est remarquable. Il n'y a aucune erreur. Plus simplement le test k+1 n'est pas programmé pour des pondérations non uniformes. Cette option complique sérieusement les programmes.
C'est une question ouverte.
Faut-il défendre l'AFC sur le tableau faunistique dans les couplages ?
Au plan théorique, c'est un vrai problème. La seule propriété vraiment spécifique de l'AFC est la symétrie et le double averaging. Tout le reste est à peu près reproductible d'une autre manière.
Quand on ajoute un tableau de milieu (ou plusieurs) la symétrie est rompue. Quand on ajoute un tableau de traits biologiques (ou plusieurs) la symétrie est encore rompue. Quand on rajoute les deux, la symétrie est restaurée.
L'option K+1: RV_Test n'est pas documentée (lamentable). Elle teste la somme des carrés de RV entre Y et les Xk. Vous l'aurez en version ACP ce qui peut être utile. Si le niveau de signification n'est pas énorme, n'essayez pas de faire dire aux données plus qu'elles n'en peuvent.
Daniel Chessel - Equipe "Ecologie Statistique"
Biométrie et Biologie Evolutive - UMR CNRS 5558
Université Lyon 1 - Bât G. Mendel
69622 Villeurbanne Cedex, France
Tel : 04 72 44 82 77 - Fax 04 78 89 27 19
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