At 12:06 19/06/2003 +0200, Yannick Delettre wrote:
>Bonjour à vous !
>Juste une petite question pratique :
>Dans la doc de Fuzzy COA, certains graphes sont réalisés à l'aide de programmes en Quick Basic de la pile ADE-Old (p. 10 et suivantes). Je n'ai pas trouvé cette pile dans la version actuelle d'ADE-4 pour PC. Quels utilitaires peut-on utiliser pour obtenir des sorties équivalentes ?
>Merci de votre attention,
>Très cordialement
>Yann
La petite question pratique se posait déjà au siècle dernier
La pile Ade-Old, le Quickbasic, le MacSE30 et bien des choses ont disparu à la fin des années 1900
http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/adelisthtmlannuel/99/0094.html
J'avais répondu :
Dans la version 3.7 d'ADE il y avait 3 modules graphiques pour les variables floues.
L'option Fuzzy Table a été réintroduite dans Tables: Fuzzy Variables
Exemple d'une utilisation dans la fiche Thema81.
Les deux autres n'ont pas été reprogrammées. Pour plusieurs raisons.
Soit un tableau de variables floues, par exemple espèces (lignes) - modalités (colonnes) par traits biologiques (tableaux)
Ces figures représentent soient les modalités de traits et les espèces à la moyenne leur mode d'utilisation, soit les espèces et les modalités à la moyenne des espèces qui les utilisent. On peut toujours superposer ces deux nuages de points en utilisant
le .flco avec .fll1 et le .flli avec .flc1, les fichiers .flc1 et .fll1 étant obtenu par DDUtil: Add normed scores après MCA: Fuzzy Correspondence Analysis.
N'ont pas été reprogrammé le dessin des liens entre une espèce et les modalités qu'elle utilise ou une modalité et les espèces qui l'utilisent. Pour trois raisons :
1) ces dessins ne sont manipulables pratiquement que sur Macintosh, l'environnement Windows étant d'une pauvreté affligeante en matière de graphiques vectorisés. La compatibilité des deux versions nous obligent à ne pas augmenter le complexité des images qui n'est utile que dans la version minoritaire (l'instabilité notoire du format WMF d'un grapheur à l'autre est contradictoire avec l'universalité du format PICT qui autorise bien des recherches).
2) ces dessins sont assez sommaires car on ne voit pas l'intensité de l'association d'une espèce et d'une modalité (on se contentait d'éliminer le trait en dessous d'un seuil). On se proposait d'utiliser des traits d'épaisseur variable ce qui renvoie au problème précédent.
3) la priorité a été donnée aux développements de méthodes concurrentes à l'AFC floue. Cette méthode est loin de permettre une maîtrise complète de ce type de tableaux. C'était une bonne introduction à cette problématique dont rend compte le numéro 31,3 de Freshwater Biology mais on est loin d'une méthode fondamentale. En particulier, une espèce utilise chaque trait avec une distribution de fréquences. Si on a une typologie des modalités, une espèce prend une position moyenne pour chaque trait, puis une position moyenne de ces moyennes. Ceci, on ne le voit pas et l'AFC floue ne dit pas grand chose sur la corrélation entre traits, leur relative indépendance, la présence de plusieurs composantes biologiques,... C'est pourquoi ADE-4 invite à attaquer les tableaux de traits par la partie multi-tableaux qui donne plus de poids à la nature profonde de ces données (voir Thema81).
Si des utilisateurs d'ADE-4 ont entrepris des essais dans ce sens, leurs commentaires seraient sans doute utiles. Mais si des opinions contraires sont pour cette réimplantation on peut en discuter.
Il n'y a pas eu de suites et la question en est restée là.
J'ai remis dans la fonction scatter.fca (dans ade4 pour R) les liens entre une modalité et les espèces (ancien FuzzyScore2) qui l'utilisent car ça donne très rapidement une vue d'ensemble de l'analyse.
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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