At 08:50 08/01/2004 +0100, Lidwine Le Mire Pecheux wrote:
>Je ne trouve pas dans R la fonction qui permette de faire l'analyse de profil écologique de ADE4 (EcolTool / Ecological profil).
>Pouvez vous m'orienter?
Mais bien sûr.
La fonction croise un tableau de variables qualitatives (les variables de milieu) et un tableau floro-faunistique en présence-absence. Ceci a de l'intérêt de deux manières très différentes.
1) D'abord pour avoir le tableau de ces profils
Dans R c'est très facile. Si mil est le tableau de facteurs
mil01 <- acm.disjonctif(mil) est le tableau disjonctif complet
Si fau est le tableau floristique
fau01 <- (fau>0)*1 est le tableau en présence-absence
Le tableau des profils est alors dans :
prof <- data.frame(t(as.matrix(fau01))%*%as.matrix(mil01))
exemple dans http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr64.pdf
Ce tableau peut être soumis à une afc mais ceci est une version simplifiée de l'analyse de co-inertie (synthèse dans Dray S., Chessel D. & Thioulouse J. (2003) Co-inertia analysis and the linking of ecological tables. Ecology, 84, 3078-3089) entre l'ACM (dudi.mca) de mil et l'AFC (dudi.coa) de fau01 (Mercier P., Chessel D. & Dolédec S. (1992) Complete correspondence analysis of an ecological profile data table: a central ordination method. Acta Œcologica, 13, 25-44).
exemple dans http://pbil.univ-lyon1.fr/R/stage/stage5.pdf
On peut donc dire que le calcul des tableaux de profils écologiques, qui est intéressant au plan théorique est maintenant peu utile, mais cependant très facile à calculer et ne nécessite pas une fonction pour cela.
On pourrait préférer l'analyse de la niche (Dolédec S., Chessel D. & Gimaret C. (2000) Niche separation in community analysis: a new method. Ecology, 81, 2914-1927) dans la fonction niche sur dudi.mca(mil) et fau car on comparerait la fréquence de l'espèce dans une classe à la fréquence des relevés dans cette classe et non à la fréquence de toutes les espèces dans cette classe.
2) Pour tester chacune des associations entre chaque espèce et chaque variable (Daget P. & Godron M. (1982) Analyse fréquentielle de l'écologie des espèces dans les communautés. Masson, Paris). Ceci est franchement désuet, car ce déluge de description d'association est encombrant sans être efficace. Comme R a toutes les fonctions de modélisation il est évidemment plus efficace de faire des glm pour les espèces qui le méritent. C'est un exercice relativement difficile mais bien plus subtil puisqu'il intègre l'approche multivariée du milieu. Pour cela la fonction de ADE-4 (EcolTool / Ecological profil) n'a pas été reproduite dans ade4 (dans R).
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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