At 13:50 09/01/2004 +0100, estelle dumas wrote:
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>Bonjour,
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>je traite mes données avec le logciel ADE dans R. J'ai utilisé l'analyse de co-inertie à partir de deux analyses une ACP et une AFC. Je cherche à valider maintenant la significativité de l'analyse de coinertie. Pour cela, j'ai effectué un test de Monte-Carlo (Randtest.coinertia). Ce test donne une valeur de R globale mais ne donne pas une valeur de R par axe. Je souhaiterais savoir s'il est possible d'obtenir cette valeur par axe de l'analyse de co-inertie.
La réponse est non, ceci n'est pas programmé. Ce serait possible mais poserait beaucoup de problèmes à partir du second axe. On peut penser à cette option pour connaître automatiquement le nombre d'axes à conserver.
Nous avons délibérément ignorer ces automatismes parce qu'ils conduisent facilement à l'erreur.
Disons, pour être simple, qu'en écologie, une analyse de co-inertie n'a de sens que si elle est massivement significative. Toute nuance autour du 5% indique une situation critique. De plus, les valeurs propres s'effondrent plus rapidement que dans toute analyse simple car elles sont des produits inertie(tab1)*Inertie(tab2)*corrélation, et dès qu'une composante s'affaiblit, cela est transparent. On est donc pas en présence d'un vrai besoin.
Pour un utilisateur averti, le test serait facile à écrire en R : nous avons laissé pour cela les fonctions :
"mantel.rtest" "multispati.rtest" "procuste.rtest" "rtest.between" "rtest.discrimin" "RV.rtest"
qui sont les versions en R des fonctions
"mantel.randtest" "multispati.randtest" "procuste.randtest" "randtest.between" "randtest.discrimin"
qui sont les versions en C.
Seule "randtest.coinertia" beaucoup plus complexe est en C seulement.
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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