Bonjour,
Je me lance dans la RLQ sous R...pour savoir si un trait (type bio) est lié à des variables environnementales ou pas du tout.
Pour se faire j'utilise de manière détournée le module développé par Stéphane Dray "spatialrlq".
DONNEES :
Préparation du triplet sous R :
TabLAFC : Rel x Esp traité en AFC
TabRACM : Rel x Envt (14 variables, 106 modalités) traité en ACM avec pondération des lignes par .lw
TabQACM : Esp x Traits (1 variable à 19 modalités) traité en ACM avec pondération des lignes par . cw
Excecution de RLQ analysis :
resultRLQ <- rlq(TabRACM, TabLAFC, TabQACM, scannf = TRUE, nf = 2)
QUESTION :
J'ai fait la RLQ sous ADE4 puis sous R :
1 - Le fichier des coord des lignes de TabR sous ADE4 ( &&li ) et sous R ( $li) ne donne pas les mêmes coordonnées,
un point passe notamment sur l'axe1 de -1.29 à 0.42. Les points de sont pas organisés ni dispersés de la même manière en prenant bien sûr les mêmes axes
Est ce normal?
2 - Est ce que j'ai bien le droit de superposer le fichier &&li (ou $li ) qui donnent les coord des moda de variables avec le fichier &&co (ou $co) qui donne les coord des moda de traits pour répondre à ma question?
Merci.
Le Mire Pecheux Lidwine
IMEP (Institut Mediterranéen d'Ecologie et de Paléoécologie)
Equipe "Ecologie du Paysage et Biologie de la Conservation"
Europôle de l'Arbois, Bât Villemin, BP 80
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