Bonjour,
normalement, les "2 rlq" doivent produire les memes resultats... C'est la
meme methode. Je m'en etais assurer avant de le mettre sur le site. J'ai
refait l'analyse des donnees aviurba dans R et ade4
data(aviurba)
coa1<-dudi.coa(aviurba$fau,scannf=FALSE,nf=2)
dudiacm<-dudi.acm(aviurba$mil,scannf=FALSE,nf=2,row.w=coa1$lw)
dudiacm2<-dudi.acm(aviurba$traits,scannf=FALSE,nf=2,row.w=coa1$cw)
dudirlq2=rlq(dudiacm,coa1,dudiacm2)
====================================================================
Les valeurs propres sont les memes
dudirlq2$eig
[1] 1.087006e-02 3.223881e-03 1.687756e-03 5.438458e-04 1.253120e-04
5.446392e-05 1.972497e-05
[8] 1.663685e-05
-------------------------------------------------
Binary input file: C:\ade-4\dir_Try\AviUrb\rlq.&&vp - 12 rows, 2 cols.
1 | 0.0109 0.6571
2 | 0.0032 0.1949
3 | 0.0017 0.1020
4 | 0.0005 0.0329
5 | 0.0001 0.0076
6 | 0.0000 0.0033
7 | 0.0000 0.0012
8 | 0.0000 0.0010
9 | 0.0000 0.0000
10 | 0.0000 0.0000
11 | 0.0000 0.0000
12 | 0.0000 0.0000
=====================================================================
les li aussi a une inversion de signe pres
> dudirlq2$li[,1:2]
Axis1 Axis2
farms.yes 0.023185348 0.040240194
farms.no -0.020849293 -0.036185766
small.bui.yes 0.216353454 -0.027395213
small.bui.no -0.071354667 0.009035106
high.bui.yes 0.207552757 -0.032649852
high.bui.no -0.035451558 0.005576838
industry.yes -0.056859792 0.145393112
industry.no 0.014713302 -0.037622592
fields.yes -0.141401369 0.033077586
fields.no 0.134807522 -0.031535108
grassland.yes 0.123408595 0.006991908
grassland.no -0.037022579 -0.002097572
scrubby.yes 0.011207267 -0.056064744
scrubby.no -0.016589704 0.082990575
deciduous.yes 0.062317387 -0.036179403
deciduous.no -0.154213994 0.089531519
conifer.yes 0.081638186 0.057390219
conifer.no -0.017007955 -0.011956296
noisy.yes 0.255141947 0.034001141
noisy.no -0.044978222 -0.005993961
veg.cover.R100 -0.527913545 -0.305207256
veg.cover.R98 -0.179372852 -0.092608925
veg.cover.R93 0.003501609 0.171067753
veg.cover.R87 0.099719373 -0.046878192
veg.cover.R62 0.185876231 -0.020398761
veg.cover.R37 0.190984214 -0.009809528
veg.cover.R22 0.277650724 -0.004265291
veg.cover.R5 -0.120875005 0.174346085
------------------------------------------------
Binary input file: C:\ade-4\dir_Try\AviUrb\rlq.&&li - 28 rows, 2 cols.
1 | 0.0232 -0.0402
2 | -0.0208 0.0362
3 | 0.2164 0.0274
4 | -0.0714 -0.0090
5 | 0.2076 0.0326
6 | -0.0355 -0.0056
7 | -0.0569 -0.1454
8 | 0.0147 0.0376
9 | -0.1414 -0.0331
10 | 0.1348 0.0315
11 | 0.1234 -0.0070
12 | -0.0370 0.0021
13 | 0.0112 0.0561
14 | -0.0166 -0.0830
15 | 0.0623 0.0362
16 | -0.1542 -0.0895
17 | 0.0816 -0.0574
18 | -0.0170 0.0120
19 | 0.2551 -0.0340
20 | -0.0450 0.0060
21 | -0.5279 0.3052
22 | -0.1794 0.0926
23 | 0.0035 -0.1711
24 | 0.0997 0.0469
25 | 0.1859 0.0204
26 | 0.1910 0.0098
27 | 0.2777 0.0043
28 | -0.1209 -0.1743
=====================================================================================
les co aussi
Comp1 Comp2
feed.hab.insect -0.064599978 0.042008833
feed.hab.grani 0.065585286 -0.017158868
feed.hab.omni -0.008166629 -0.092017445
feed.strat.ground 0.002985690 -0.001791945
feed.strat.aerial 0.129927547 0.060437743
feed.strat.foliage -0.294454625 -0.114874132
breeding.ground -0.407368966 0.257645630
breeding.building 0.115482379 0.014851536
breeding.scrub -0.197412813 -0.135931698
breeding.foliage -0.007568069 -0.037016962
migratory.resident 0.015779775 -0.011722731
migratory.migrant -0.032982317 0.024502430
-------------------------------------------------
Binary input file: C:\ade-4\dir_Try\AviUrb\rlq.&&co - 12 rows, 2 cols.
1 | -0.0646 -0.0420
2 | 0.0656 0.0172
3 | -0.0082 0.0920
4 | 0.0030 0.0018
5 | 0.1299 -0.0604
6 | -0.2945 0.1149
7 | -0.4074 -0.2576
8 | 0.1155 -0.0149
9 | -0.1974 0.1359
10 | -0.0076 0.0370
11 | 0.0158 0.0117
12 | -0.0330 -0.0245
=======================================================================================
J'arrete la comparaison...... Ouf, j'ai eu tres peur !!!!
Le probleme vient peut etre d'un mauvais codage des donnees dans R.
Le mieux est de comparer les resultats des analyses une a une (acm , afc,
acm). Pour voir si une difference de resultats apparait et voir ainsi dans
quel tableau se situe le probleme.
Dis moi si tu as besoin d'aide...
PS: ce n'est pas une maniere detournee d'untiliser la librairie. si il
existe une fonction rlq, c'est bien pour faire de l'analyse rlq classique
(la fonction sera integre dans ade4) et le package 'spatialrlq' devrait
bientot ne plus exister (j'attends des modifs de R. Bivand sur la librairie
spdep pour gerer les structures de voisinage pour deux tesselations).
A bientot,
Cordialement
At 11:05 21/01/2004, Lidwine Le Mire Pecheux wrote:
>Bonjour,
>
>Je me lance dans la RLQ sous R...pour savoir si un trait (type bio) est
>lié à des variables environnementales ou pas du tout.
>Pour se faire j'utilise de manière détournée le module développé par
>Stéphane Dray "spatialrlq".
>
>DONNEES :
>Préparation du triplet sous R :
>TabLAFC : Rel x Esp traité en AFC
>TabRACM : Rel x Envt (14 variables, 106 modalités) traité en ACM avec
>pondération des lignes par .lw
>TabQACM : Esp x Traits (1 variable à 19 modalités) traité en ACM avec
>pondération des lignes par . cw
>
>Excecution de RLQ analysis :
>resultRLQ <- rlq(TabRACM, TabLAFC, TabQACM, scannf = TRUE, nf = 2)
>
>QUESTION :
>J'ai fait la RLQ sous ADE4 puis sous R :
>1 - Le fichier des coord des lignes de TabR sous ADE4 ( &&li ) et sous R (
>$li) ne donne pas les mêmes coordonnées,
>un point passe notamment sur l'axe1 de -1.29 à 0.42. Les points de sont
>pas organisés ni dispersés de la même manière en prenant bien sûr les
>mêmes axes
>Est ce normal?
>
>2 - Est ce que j'ai bien le droit de superposer le fichier &&li (ou $li )
>qui donnent les coord des moda de variables avec le fichier &&co (ou $co)
>qui donne les coord des moda de traits pour répondre à ma question?
>
>Merci.
>
>Le Mire Pecheux Lidwine
>IMEP (Institut Mediterranéen d'Ecologie et de Paléoécologie)
>Equipe "Ecologie du Paysage et Biologie de la Conservation"
>Europôle de l'Arbois, Bât Villemin, BP 80
>13 545 Aix en Provence cedex 4
>Tel : 04 42 90 84 57
>Fax : 04 42 90 84 48
>Email :
><mailto:lidwine.lm-pecheux@univ.u-3mrs.fr>lidwine.lm-pecheux@univ.u-3mrs.fr
Stéphane DRAY
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Département des Sciences Biologiques
Université de Montréal, C.P. 6128, succursale centre-ville
Montréal, Québec H3C 3J7, Canada
Tel : 514 343 6111 poste 1233
E-mail : stephane.dray@umontreal.ca
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