Bonjour,
Je travaille sur des données de pêches expérimentales. J'ai à disposition
des données concernant les peuplements de poissons :
4 tableaux - campagnes [stations * espèces], (dimension commune
aux 4 tableaux : les 67 espèces),
ainsi que des données concernant l'environnement :
4 tableaux - campagnes [stations * variables], (il s'agit des
mêmes stations que pour le peuplement, dimension commune aux 4 tableaux :
les 6 variables).
Je voudrais réaliser un couplage des 2 séries de tableaux (des 2 ktableaux).
Le ktableau des peuplements relève d'AFC, le ktableau d'environnement
relève d'ACP.
J'ai construit mon ktableau des peuplements en passant par une afc, une
analyse intra-classe et la fonction "ktab.within". Le ktableau de
l'environnement est construit en passant par les fonctions "within.pca" et
"ktab.within".
J'utilise ensuite la fonction "ktab.match2ktabs" de la librairie ade4 sous
R. Mais j'obtiens un message d'erreur :
"Error in ktab.match2ktabs(ktabenvt1, ktabpeup) :
The two ktabs must have the same column weights"
Il faut que mes 2 ktableaux aient les mêmes poids des colonnes
(correspondant aux stations). Il n'est donc apparemment pas possible de
coupler un ktableau d'AFC avec un ktableau d'ACP...
Afin d'obtenir 2 ktableaux ayant les mêmes poids des colonnes, j'ai
légèrement transformé la fonction within.pca, en rajoutant un argument :
withinpca<-function (df, fac,row.w=rep(1, nrow(df))/nrow(df), scaling =
c("partial", "total"), scannf = TRUE,
nf = 2)
L'argument "row.w" me permet de fixer le poids des lignes (par défaut,
pondération utilisée dans within.pca)
J'ai donc recommencé l'acp intra-classe en fixant le poids des lignes avec
les poids obtenus lors de l'afc sur les peuplements :
row.w = afc$lw
Puis j'ai reconstruis mon ktableau avec la fonction "ktab.within", et le
couplage par "ktab.match2ktabs" marche.
J'aimerais savoir si le couplage reste valide malgré ces transformations.
De plus, j'ai réalisé sur le ktableau issu du couplage une analyse
triadique partielle. Les RV obtenus sont très faibles... pensez-vous que
cela soit dû au grand nombre d'espèces présentes (67) ?
Merci
Charline LAURENT
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