Je travaille actuellement sur des donnees de puces a ADN et je souhaite classer 3 groupes distincts de malades a l'aide de donnees d'expression de genes. Je travaille sur 24 patients repartis dans 3 groupes et a partir de l'expression de 45 genes. Afin de separer les differents malades en fonction de leur appartenance a l'un des trois groupes, j'utilise une Between analysis suite a une PCA.
J'aimerais maintenant pouvoir calculer un parametre qui fournirait une information sur l'importance et la qualite de la discrimination apportee par l'analyse. Je pensais par exemple comparer les inerties intra-groupe, inter-groupes et totale. Je pensais aussi etudier le rapport entre l'inertie inter-groupe et l'inertie totale.
J'ai vu que la fonction 'between' dans ADE4 sous R fournit la valeur 'ratio'. A quoi correspond exactement ce parametre. S'agit-il du rapport de l'inertie inter-groupe sur l'inertie totale ? Si oui, quelle distance est ici utilisee pour calculer les inerties ?
Merci!
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