At 18:30 26/07/2004 +0200, Moundy Pierre-Jean wrote:
>je suis un nouvel utilisateur d'ADE4 et j'ai le problème suivant.
>Je travaille actuellement sur la biodiversité végétale en milieu préiurbain
>et essaie de comprendre comment les caractéristiques de l'environnement
>(paysage, structure de peuplement) influencent la flore forestière.
>
>Mon plan d'échantillonnage comprend 30 placettes dans lesquelles ont été
>relevées en abondance/dominance 280 plantes. Ces dernières ont été
>regroupées en 9 groupes fonctionnels eux-mêmes caractérisés par un indice
>d'abondance/dominance.
>Par ailleurs chaque placette est définie par 28 variables caractérisant la
>structure de peuplement et l'environnement.
>
>Une ACP non normée du tableau placettes/groupes fonctionnels a été réalisée
>puisque l'on veut donner plus de poids aux groupes fonctionnels qui
>atteignent de fortes abondances.
>Une ACP normée du tableau placettes/ variables environnementales a été
>réalisée puisque ces dernières sont de nature et d'ordre de grandeur
>différents.
>
>Comment peut-on projeter en variables supplémentaires dans les plans de
>l'ACP non normée les coordonnées des variables environnementales traitées
>en ACP normée ? N'y a t'il pas un problème d'échelle et de représentation?
Il y a de l'information dans :
ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mac/ADE/ADE4/DocThemPDF/Thema48.pdf
On peut toujours projeter des variables normées (longueur 1) sur un plan défini par des composantes principales d'autres variables. Les coordonnées des projections sont les corrélations avec les coordonnées des lignes. Si elles sont trop petites on peut les multiplier par une constante arbitraire, si elles sont trop grande multiplier par un coefficient petit. Il vaut mieux à mon avis faire un cercle des corrélations indépendants, c'est plus simple.
>De plus, quelle analyse serait la plus adaptée pour étudier par couplage de
>tableau la co-structure entre le tableau placette-groupes fonctionnels et
>le tableau placette-variables environnementales, sachant que l'ACC n'est
>pas possible vu le grand nombre de variables. Est-on obligé de faire le
>même type d'ACP pour coupler les deux tableaux?
Non, l'analyse de co-inertie permet de coupler toutes les analyses de bases, sans restriction de dimensions, si les pondérations lignes sont identiques.
Voir
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/cours/bsb.pdf
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/stage/stage5.pdf
suivant la version d'ade4 utilisée
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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