Bonjour,
ade.old n'exite plus.
voir http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/adelisthtml/0611.html sur la meme
question.
Apres, c'est sur que faire des histogramme par categorie si on a des
variables quantitatives.. c'est pas possible, et c'est plutot etrange de
l'envisager.
Les traits et variables environnementales peuvent etre representes par les
coefficients.
On peut egalement les representer par leur correlation entre variables
originales et scores obtenus par RLQ. Et voir si il y a consistance entre
les 2 (coef/correlation). (voir la table 2 dans
http://www.steph280.freesurf.fr/files/articles/Ecology2003b.pdf pour ce
type d'approche en co-inertie)
Si on a des variables qualitatives, on peut faire un boxplot du score pour
chaque categorie.
Dans la version ade de R (quand on y a goute, on a du mal a revenir a
l'original), il y a le rlq et des fonctions graphiques unidimensionnelles
sco.quant, sco.boxplot qui vous seront certainement tres utiles.
Pour votre codage de variables de milieu, on peut envisager de traiter
chaque modalite comme une variable (ex: nid au sol) , de la considerer
comme du qualitatif (oui/non), et d'utiliser une ACM dessus.
Cordialement.
At 08:10 13/08/2004, Karine Jacquet wrote:
>Bonjour,
>
>Je viens soliciter votre aide pour une analyse RLQ sous ade4.
>Je dispose d'un tableau d'abondance d'oiseaux (mon tableau L que je
>soumets à une AFC), d'un tableau de variables de milieux (mon tableau R
>qui comprend des strates de végétation (avec des pourcentages de
>recouvrements) et que je vais analyser par une ACPn) et d'un tableau avec
>quelques traits biologiques (mon tableau Q qui comprend 10 variables (je
>n'ai pas découpé mes variables en modalités mais directement placé chaque
>modalité en tant que variable...par exemple une variable «nid au sol», une
>autre «nid dans les buissons» etc. (j'ai fait cela puisque des espèces
>peuvent avoir différentes stratégies comme certaines qui pourraient nicher
>au sol et dans les buissons)) et que je pense analyser par une ACPn (ou
>une AFC...mais je ne pourrai alors pas utiliser les poids issus de L)).
>Pour l'analyse RLQ, j'ai donc regardé la fiche thématique «Triplet
>d'analyses des correspondances»..cependant, sur la fin, je n'arrive pas à
>faire les graphiques qui relie les trois tableaux. Cela utilise la «pile
>ade.old»...mais je ne la trouve pas! Comment puis-je réaliser la dernière
>partie de cette analyse (essentielle évidemment!)?? Et du fait que je
>réalise deux ACP sur R et Q, je n'ai pas de fichier «.cat» qui sont créés
>(avec les ACM et le fait d'avoir des fichiers de catégories)...je ne
>pourrai alors pas, si je trouvais cette pile ade.old, réaliser le dernier
>graphique qui prend en compte le module «Histo1Categ»...
>
>Je suis un peu longue à tout expliquer mais j'espère que vous pourrez me
>venir en aide! Je ne sais pas trop comment faire!! Et si je n'ai pas été
>très clair, n'hésitez pas à me redemander, sans vouloir vous
>importuner...j'ai vraiment besoin de comprendre.
>
>Cordialement,
>
> Karine Jacquet
>
>
>Karine Jacquet
>E.P.H.E (Ecole Pratique des Hautes Etudes)
>Laboratoire "Biogéographie et Ecologie des Vertébrés",
>Université Montpellier-2
>Case courrier 94
>Place Eugène Bataillon
>F- 34095 MONTPELLIER cedex 5
>***********************
>Phone: 04.67.14.32.90
>
>E-mail: kjacquet@univ-montp2.fr
>
>
>
Stéphane DRAY
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Département des Sciences Biologiques
Université de Montréal, C.P. 6128, succursale centre-ville
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Tel : (514) 343-6111 poste 1233 Fax : (514) 343-2293
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