At 14:10 16/10/2004 +0200, Patrick Giraudoux pose de très bonnes questions :
>Bonjour,
>
>Je suis en train de parcourir la fiche de biostatistique - stage 5 "Couplage de tableaux" de Chessel et coll. en essayant de croiser les informations avec la fiche thématique 1.3.5 "Ordination sous contrainte" d'ADE4 (D. Chessel), la fiche 1.3.3 sur la régression PLS (dite de seconde génération) et l'exemple d'ADE4 dans r de la fonction pcaiv (ouf!). Tout ca pour préparer un TP de maîrise et appuyer l'analyse des données d'une thèse en cours.
>
>La fiche 1.3.5 retient la possibilité, derrière une acpvi d'effectuer un test de permutation ce qui me plait bien (comme écolo plutôt de terrain, j'adore ce type d'inférence "empirique" versus celles fondées sur une distribution assumée, souvent plus ou moins hypothétique). Je n'arrive cependant pas à trouver la traduction de ce type de test dans l'environnement R et acpvi()... malgré plusieurs lectures attentives de library(help = ade4).
>
>Questions:
>
>- y-t-il une raison théorique à ce que ce test de permutation n'ai pas été implémenté dans R (la fiche 1.3.5 semble avoir été été écrite bien avant celle la fiche biostatistique)?
Oui, la CCA est implantée par Jari Oksanen dans son package vegan.
Index:
anosim Analysis of Similarities
anova.cca Permutation Test for Constrained
Correspondence Analysis, Redundancy Analysis
and Constrained Analysis of Principal
Coordinates
BCI Barro Colorado Island Tree Counts
capscale [Partial] Constrained Analysis of Principal
Coordinates
cca [Partial] [Constrained] Correspondence
Analysis and Redundancy Analysis
decorana Detrended Correspondence Analysis and Basic
Reciprocal Averaging
decostand Standardizaton Methods for Community Ecology
distconnected Connectedness and Minimum Spanning Tree for
Dissimilarities
diversity Ecological Diversity Indices and Rarefaction
Species Richness
dune Vegetation and Environment in Dutch Dune
Meadows.
envfit Fits an Environmental Vector or Factor onto an
Ordination
fisherfit Fit Fisher's Logseries and Preston's Lognormal
model to Abundance Data
initMDS Random Start and Axis Scaling for isoMDS
make.cepnames Abbreviates a Botanical or Zoological Latin
Name into an Eight-character Name
mantel Mantel Test for Two Dissimilarity Matrices
ordihull Add Graphical Items to Ordination Diagrams
ordiplot Alternative plot and identify Functions for
Ordination
ordisurf Smooths Variables and Plots Contours on
Ordination.
plot.cca Plot or Extract Results of Constrained
Correspondence Analysis or Redundancy Analysis
procrustes Procrustes Rotation of Two Configurations
radfit Rank -- Abundance or Dominance / Diversity
Models
rankindex Compares Dissimilarity Indices for Gradient
Detection
read.cep Reads a CEP (Canoco) data file
scores Get Species or Site Scores from an Ordination
specaccum Species Accumulation Curves
specpool Extrapolated Species Richness in a Species
Pool
stepacross Stepacross as Flexible Shortest Paths or
Extended Dissimilarities
varespec Vegetation and environment in lichen pastures
vegan-internal Internal vegan functions
vegdist Dissimilarity Indices for Community Ecologists
vegemite Prints a Compact, Ordered Vegetation Table
wascores Weighted Averages Scores for Species
Further information is available in the following vignettes in
directory 'C:/rdev/R-1.9.0/library/vegan/doc':
vegan-FAQ: FAQ and design desicions (source, pdf)
La division du travail qui s'établit implicitement dans R laisse toute la place de la CCA à vegan.
La cca d'ade4 est plutôt un élément théorique dans l'édifice mais n'empiète pas sur les compétences de J. Oksanen qui a mis les tests de la CCA partielle.
>- sinon, y-a-t-il une possibilité qui m'aurait échappé d'effectuer ce test derrière acpvi()?
Non, si il y était il figurerait dans les exemples !
>
>- enfin, la régression PLS ne semble pas implémentée dans le package ADE4 de R. Quelle en est la raison? Existe-t-il un package R spécifique sur ce thème?
>
Oui, il s'appelle pls.pcr de Ron Wehrens
le titre est particulièrement explicite, car la PLS1 est très voisine d'une PCR (Principal Components Regression)
contenu
NIR Multivariate dataset of NIR spectra
kernelpls Kernel PLS (Dayal and MacGregor)
mvr Multivariate Regression
pcr.model PCR model building
plot.mvr Plot a MVR object
predict.mvr MVR predictions
sensory Multivariate dataset of sensory data
simpls De Jong's SIMPLS
summary.mvr Summary of a MVR object
A noter que la fonction simpls comme la PLS de ADE-4 n'admet pas les données manquantes (et dans ce cadre PLS1 et PCR sont très voisines), alors que la PLS de SIMCA a surtout pour propriété de prendre en compte les données manquantes et à ce titre de contenir comme cas particulier les précédents (voir Tenenhaus, M. 1999. L'approche PLS. Revue de Statistique Appliquée 47:5-40).
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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