Ayant repéré le package pls.pcr dans R, ma dernière question tombe à l'eau... Ma première question et deuxième question restent entière. J'ai bricolé un test de permutation prenant en valeur observée de référence la somme des VP sum(pcaiv()$eig)... L"hypothèse nulle posée: cette somme est le résultat de permutations aléatoires des lignes du tableau des variables "indépendantes", deuxième argument passé dans pcaiv(). Suis je dans les piquets?
----- Original Message -----
From: Patrick Giraudoux
To: ade list
Cc: Céline Romain ; Nadine Bernard
Sent: Saturday, October 16, 2004 2:10 PM
Subject: test de permutation après AFCVI
Bonjour,
Je suis en train de parcourir la fiche de biostatistique - stage 5 "Couplage de tableaux" de Chessel et coll. en essayant de croiser les informations avec la fiche thématique 1.3.5 "Ordination sous contrainte" d'ADE4 (D. Chessel), la fiche 1.3.3 sur la régression PLS (dite de seconde génération) et l'exemple d'ADE4 dans r de la fonction pcaiv (ouf!). Tout ca pour préparer un TP de maîrise et appuyer l'analyse des données d'une thèse en cours.
La fiche 1.3.5 retient la possibilité, derrière une acpvi d'effectuer un test de permutation ce qui me plait bien (comme écolo plutôt de terrain, j'adore ce type d'inférence "empirique" versus celles fondées sur une distribution assumée, souvent plus ou moins hypothétique). Je n'arrive cependant pas à trouver la traduction de ce type de test dans l'environnement R et acpvi()... malgré plusieurs lectures attentives de library(help = ade4).
Questions:
- y-t-il une raison théorique à ce que ce test de permutation n'ai pas été implémenté dans R (la fiche 1.3.5 semble avoir été été écrite bien avant celle la fiche biostatistique)?
- sinon, y-a-t-il une possibilité qui m'aurait échappé d'effectuer ce test derrière acpvi()?
- enfin, la régression PLS ne semble pas implémentée dans le package ADE4 de R. Quelle en est la raison? Existe-t-il un package R spécifique sur ce thème?
Bien cordialement à tous,
Patrick Giraudoux
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