La discussion ouverte par P. Cornillon et la réponse de P. Bady m'oblige à préciser un point.
Pour le moment la fonction statis d'ade4 n'est pas une version complète des différentes approches de l'école de Montpellier. Au contraire, elle a un objectif assez réduit centré sur la notion de RV avec deux particularités qui n'ont jamais fait l'objet de commentaires.
1) C'est une routine qui prend un K-tableau arbitraire sorti d'une quelconque des méthodes de formation de K-tableaux, en particulier les ACP ou AFC intra-classes, les tableaux flous, ...
2) C'est une routine qui prend la partie commune de ce qu'on appelle communément STATIS et DUAL STATIS selon que le K-tableau est formé d'assemblage de tableaux avec les mêmes lignes et les mêmes colonnes.
Ce choix a un avantage : il fait connaître ce qui est l'essence de STATIS à savoir le coefficient RV entre opérateurs d'inertie du type VQ ou WD. Il impose une obligation : limiter les commentaires propres aux cas particuliers.
Je ne sais pas si ce choix est le meilleur et la porte est ouverte à toute discussion. En particulier, pour des utilisateurs qui ont une bonne culture sur ces méthodes, rien n'interdit de proposer une organisation plus souple qui leur permettrait d'écrire des fonctions plus ciblées qui les intéressent.
Je suis d'accord avec P. Bady pour les trajectoires. Il y a eu trop de versions différentes et trop peu de justificatifs d'optimalité pour qu'elles rivalisent avec d'autres méthodes. L'époque du tout STATIS ou du tout AFM est révolue.
Mais je suis aussi d'accord avec P. Cornillon : si des objectifs pédagogiques ne sont pas accessibles sans raison, il faut améliorer le système. J'avoue ne pas bien savoir ce que sont les cos2 en question, ils ne figurent pas dans l'article de 94 qui est la principale référence en anglais utilisée. Si ce sont les contributions relatives de la représentation euclidienne issues du compromis considéré comme tableau de produits scalaires, alors on pourrait faire comme dans dudi.pco. La représentation euclidienne issue d'une matrice de données euclidiennes y est transformé arbitrairement en objet dudi et renvoie à l'usage de dudi.inertia. On pourrait faire cela aussi avec la matrice de produits scalaires. On pourrait ainsi coupler un compromis de STATIS avec un autre objet.
Si c'est utile, je le fais bientôt. A discuter.
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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