Re: Discriminante: individus supplémentaires & matrice de confusion

From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Wed Oct 05 2005 - 18:49:20 MEST

  • Next message: Issac Muniz: "x----SPAM----x Trading News. The Below the Radar Equity"

    Question pertinente ! Quand on passe de ADE-4 à ade4, on change
    d'univers parce que ade4 est une des 500 librairies de R !

    L'analyse discriminante linéaire a déjà une fonction lda (linear
    discrimant analysis) et une qda (quadratic discriminante analysis) dans
    la libraririe MASS, et une MANOVA (multivariate analysis of variance)
    dans la librairie stats. La discriminante de ade4 est essentiellement
    descriptive, celle de lda est essentiellement prédictive, la Manova est
    la partie inférentielle.

    Les trois sont liées et entretiennent des rapports bien décrits en
    annexe de Tomassone R., Danzard M., Daudin J.J. & Masson J.P. (1988)
    Discrimination et classement. Masson, Paris.

    Pour récupérer des affectations d'individus supplémentaires (fonction
    predict.lda) et le tableau des bien classés par table(ancien, predict)
    voir la fiche :

    http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr64.pdf

    Dans R le monde est à vous, mais il est vaste.

    Ce qui renvoie à un message que nous a envoyé cette semaine un doctorant
    dont je respecte l'anonymat :

    /Je suis en deuxième année de thèse et travaille sur la variabilité ...
    en ...
    Je tenais à vous remercier pour le site web réalisé et la volonté de
    partage des cours et TD portant sur le logiciel R.
    La formation en utilisation de logiciels de stats est assez limitée dans
    mon école doctorale, et c'est avec plaisir qu'après avoir lu le travail
    remarquable d'Emmanuel Paradis (mode d'emploi "R pour les débutants"),
    je peux compléter mon initiation grâce aux travaux dirigés que vous avez
    déposé en ligne.

    R est un puissant logiciel, qui n'a comme principal inconvénient que le
    manque d'accès à la formation. Vous participez à combler cette lacune./

    C'est sympathique, non ? Mais c'est vrai que la question de la formation
    est maintenant centrale.
    Merci à tous les deux

    Nicolas Poulet a écrit :

    > Bonjour,
    >
    > Utilisateur de la version d’Ade 4 « classique », j’essaie de passer à
    > la version sous R et j’avoue avoir un peu de mal à « retrouver mes
    > petits ». Cela concerne principalement l’analyse discriminante.
    >
    > Tout d’abord, je n’arrive pas à projeter des individus
    > supplémentaires. J’y parviens avec une ACP inter (comme expliqué dans
    > http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html ) mais lorsque j’utilise
    > la fonction « suprow » avec une discriminante (discrimin ou
    > dicrimin.coa), un message d’erreur apparaît m’indiquant qu’on attend
    > un objet du type « dudi ».
    >
    > Par ailleurs, je ne suis pas arrivé à trouver une fonction permettant
    > de générer une matrice de confusion (l’équivalent de la fonction «
    > Assignment_old » dans Ade 4 classique).
    >
    > Dans les deux cas, j’ai sûrement du louper quelque chose, mais je ne
    > vois pas quoi. Si quelqu’un pouvait m’éclairer…
    >
    > Merci d’avance
    >
    > Nicolas Poulet
    >



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