Merci beaucoup pour votre réponse, cela m'a permis d'avancer. Mais
malheureusement, je me heurte à un nouveau problème.
Aucun problème pour obtenir les coordonnées des individus
supplémentaires grâce à « predict.lda » ($x). Maintenant, l'intérêt
(pour moi du moins) est de les superposer graphiquement aux individus du
tableau de départ. J’ai trouvé la fonction « plot » laquelle, associée à
une lda, permet d’obtenir un graphe des individus.
Mais je préfère les graphes Ade (étoiles et/ou ellipses) que je trouve
plus parlant. C’est pourquoi j’ai besoin des coordonnées des individus
du tableau de départ lesquelles n’apparaissent pas dans les sorties «
lda ».
En bref, comment récupérer les coordonnées des individus d’une analyse
discriminante obtenue avec la fonction « lda » ?
Merci pour votre aide,
Nicolas Poulet
-----Message d'origine-----
De : owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
[mailto:owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr] De la part de Daniel
Chessel
Envoyé : mercredi 5 octobre 2005 18:49
Cc : adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
Objet : Re: Discriminante: individus supplémentaires & matrice de
confusion
Question pertinente ! Quand on passe de ADE-4 à ade4, on change
d'univers parce que ade4 est une des 500 librairies de R !
L'analyse discriminante linéaire a déjà une fonction lda (linear
discrimant analysis) et une qda (quadratic discriminante analysis) dans
la libraririe MASS, et une MANOVA (multivariate analysis of variance)
dans la librairie stats. La discriminante de ade4 est essentiellement
descriptive, celle de lda est essentiellement prédictive, la Manova est
la partie inférentielle.
Les trois sont liées et entretiennent des rapports bien décrits en
annexe de Tomassone R., Danzard M., Daudin J.J. & Masson J.P. (1988)
Discrimination et classement. Masson, Paris.
Pour récupérer des affectations d'individus supplémentaires (fonction
predict.lda) et le tableau des bien classés par table(ancien, predict)
voir la fiche :
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr64.pdf
Dans R le monde est à vous, mais il est vaste.
Ce qui renvoie à un message que nous a envoyé cette semaine un doctorant
dont je respecte l'anonymat :
/Je suis en deuxième année de thèse et travaille sur la variabilité ...
en ...
Je tenais à vous remercier pour le site web réalisé et la volonté de
partage des cours et TD portant sur le logiciel R.
La formation en utilisation de logiciels de stats est assez limitée dans
mon école doctorale, et c'est avec plaisir qu'après avoir lu le travail
remarquable d'Emmanuel Paradis (mode d'emploi "R pour les débutants"),
je peux compléter mon initiation grâce aux travaux dirigés que vous avez
déposé en ligne.
R est un puissant logiciel, qui n'a comme principal inconvénient que le
manque d'accès à la formation. Vous participez à combler cette lacune./
C'est sympathique, non ? Mais c'est vrai que la question de la formation
est maintenant centrale.
Merci à tous les deux
Nicolas Poulet a écrit :
> Bonjour,
>
> Utilisateur de la version d’Ade 4 « classique », j’essaie de passer à
> la version sous R et j’avoue avoir un peu de mal à « retrouver mes
> petits ». Cela concerne principalement l’analyse discriminante.
>
> Tout d’abord, je n’arrive pas à projeter des individus
> supplémentaires. J’y parviens avec une ACP inter (comme expliqué dans
> http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html ) mais lorsque j’utilise
> la fonction « suprow » avec une discriminante (discrimin ou
> dicrimin.coa), un message d’erreur apparaît m’indiquant qu’on attend
> un objet du type « dudi ».
>
> Par ailleurs, je ne suis pas arrivé à trouver une fonction permettant
> de générer une matrice de confusion (l’équivalent de la fonction «
> Assignment_old » dans Ade 4 classique).
>
> Dans les deux cas, j’ai sûrement du louper quelque chose, mais je ne
> vois pas quoi. Si quelqu’un pouvait m’éclairer…
>
> Merci d’avance
>
> Nicolas Poulet
>
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