Bonjour Christophe,
Le niveau taxonomique "Encore.haut" ne contient qu'un seul groupe :
"Magnoliophyta". Ce groupe sera à la "racine" de l'arbre taxonomique. Tu
dois enlever ce niveau avant de faire l'analyse
cronquist <- read.table("cronquist.txt", h = T, row.names = 6)
cronquist <- as.taxo(cronquist[4:1]) # 4:1 et non 5:1
cro.phy <- taxo2phylog(cronquist)
plot(cro.phy)
Bien cordialement
Sandrine Pavoine
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UMR 5173 MNHN-CNRS-P6 '/Conservation des espèces, restauration et suivi
des populations'
/Muséum National d'Histoire Naturelle, CRBPO, 55, Rue Buffon, 75005
Paris, France
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Christophe Girod a écrit :
> Bonjour à tous
>
> J'ai un problème dans l'utilisation de la fonction taxo2phylog avec
> un fichier de données. J'utilise un fichier représentant la
> classification sous cronquist de 200 genres d'arbres de la forêt
> guyanaise. Je veux intégrer ce fichier sous forme d'une phylogénie
> avant de l'utiliser dans des analyses de DPCOA. L'intégration sous
> forme de data frame se passe sans problème, tout comme le passage en
> objet de classe taxo. Au moment d'utiliser la fonctio taxo2phylog
> j'obtiens le message d'erreur suivant :
>
> Erreur dans newick2phylog.addtools(res) : la longueur de 'dimnames'
> [2] n'est pas égale à l'étendue du tableau
>
> Pourtant quand je regarde ce qu'il y a dans dimnames [2] : j'ai bien
> le nom de toutes mes colonnes (incluant celle qui donne les en-tête de
> ligne).
>
>> dimnames(cronquist) [2]
>
> [[1]]
> [1] "Famille" "Ordre" "Sousclasse" "Classe" "Encore.haut"
>
> Quand je lui demande la longueur de ça j'obtiens 1 comme réponse.
> Est-ce normal??
>
> J'ai utilisé la séquence de fonctions suivante
> cronquist <- read.table("cronquist.txt", h = T, row.names = 6)
> cronquist <- as.taxo(cronquist[5:1])
> cro.phy <- taxo2phylog(cronquist)
>
> J'avais déjà utilisé cette séquence sur des tableaux un peu plus
> petits (mais générés pareils, à partir d'un tableur excel) sans avoir
> aucun problème.
>
> Est-ce que quelqu'un peut m'aider?
>
> Merci beaucoup
>
> Cordialement
>
> Christophe Girod
>
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>
>
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