Bonjour,
Je dispose d’un tableau dont chaque ligne représente un point
d’échantillonnage (469 au total) pour lequel est noté l’abondance de chaque
espèce (11 espèces de poisson), l’habitat (4 modalités) et la saison (3
périodes d’échantillonnage).
Je cherche à mettre en évidence l’effet du milieu sur l’assemblage d’espèces
tout en éliminant l’effet saison. Je parvenais à le faire (sauf erreur) via
une ACPVI avec la version ADE-4 classique. Cependant, je n’y arrive pas avec
la version sous R : je ne trouve pas la sortie « effet A sachant B » ni dans
pcaiv() ni dans pcaivortho().
Je suis aussi allé voir du coté du package vegan avec sa fonction rda().
Cependant, je ne suis pas certain qu’il s’agisse exactement de la même
analyse que dans ade4 et d’autre part, il semblerait que la matrice «
communauté » n’accepte pas de ligne vide (ce qui est mon cas, car un point
d’échantillonnage peut ne contenir aucune espèce).
Pour résumé :
- Puis-je mettre en évidence un effet tout en contrôlant un autre effet avec
ade4 ?
- Si oui, comment ?
- Si non, vegan peut il le faire ?
Merci pour votre aide,
Nicolas Poulet
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