Bonjour,
Concernant la prise en compte d'effets dans les acpvi, il y a peut-etre
quelques infos qui peuvent aider dans la fiche TD 65 sur les variables
instrumentales (http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr65.pdf),
notamment avec l'utilisation de la fonction model.matrix. Mais je ne
suis pas certain s'il est effectivement possible de prendre en compte a
la fois une contrainte positive et une contrainte negative.
Florent
Nicolas Poulet wrote:
> Bonjour,
>
> Je dispose d’un tableau dont chaque ligne représente un point
> d’échantillonnage (469 au total) pour lequel est noté l’abondance de
> chaque espèce (11 espèces de poisson), l’habitat (4 modalités) et la
> saison (3 périodes d’échantillonnage).
>
> Je cherche à mettre en évidence l’effet du milieu sur l’assemblage
> d’espèces tout en éliminant l’effet saison. Je parvenais à le faire
> (sauf erreur) via une ACPVI avec la version ADE-4 classique.
> Cependant, je n’y arrive pas avec la version sous R : je ne trouve pas
> la sortie « effet A sachant B » ni dans pcaiv() ni dans pcaivortho().
>
> Je suis aussi allé voir du coté du package vegan avec sa fonction
> rda(). Cependant, je ne suis pas certain qu’il s’agisse exactement de
> la même analyse que dans ade4 et d’autre part, il semblerait que la
> matrice « communauté » n’accepte pas de ligne vide (ce qui est mon
> cas, car un point d’échantillonnage peut ne contenir aucune espèce).
>
> Pour résumé :
>
> - Puis-je mettre en évidence un effet tout en contrôlant un autre
> effet avec ade4 ?
>
> - Si oui, comment ?
>
> - Si non, vegan peut il le faire ?
>
> Merci pour votre aide,
>
> Nicolas Poulet
>
-- -------------------------------------------------- Florent BATY Pulmonary Gene Research, Universitätsspital Basel Petersgraben 4, CH-4031 Basel, Switzerland tel: +41 61 265 57 27 - fax: +41 61 265 45 87 --------------------------------------------------
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