Desole, mon clavier a fourche sur les notations, voici une version corrigee :
Quoting Raphael Pelissier <Raphael.Pelissier@mpl.ird.fr>:
>
> Une petite question qui n’a pa grand chose a voir avec ade4, mais pour
> laquelle
> je ne trouve pas de reponse satisfaisante. Si quelqu’un a une idée ...
>
> Je souhaite ajuster un modele logistique de mortalite a des donnees
> d’inventaire d’arbres sur differents types de sol et recenses a deux dates
> espacees de dt.
>
> Problemes : j’ai plusieurs parcelles qui n’ont pas la meme periode
> d’observation et celle-ci ne se superpose pas aux types de sol (et je ne suis
>
> pas specialiste en regression logistique !).
>
> Question : comment corriger l’effet des differents dt dans un modele
> logistique ?
>
> Un modele logistique classique de mortalite s’ecrit :
>
> Pm = exp(b0 + bX)/(1 + exp(b0 + bX))
>
> ou Pm est la proba de mortalite sur la periode dt et X une variable codant
> pour
> les types de sols. Sous l'hypothese de stationarite la mortalite annuelle est
>
> Pm/dt.
>
> La fonction glm de R avec l’option family = binomial, ajuste le modele
> lineaire :
>
> Ln[pm/(1-pm)] = b0 + bX
>
> Si pm est estime par Nm/N0 avec N0 le nbr d'indiv initial et Nm le nbr de
> morts
> apres dt, le modele devient :
>
> ln[Nm/(N0-Nm)] = ln[Nm/Ns] = b0 + bX
>
> ou Ns est le nbr de survivants après dt
>
> Une premiere idée : mettre l’intervalle de temps en covariable dans le
> modele.
> J’obtiens des interactions avec plusieurs types de sol qui rendent
> l'interpretation difficile.
>
> Une deuxieme idée : corriger a priori les observations en fonction de dt.
> L’idee est d’ajuster une variable du type ln[(Nm/Ns)/dt]. Mais comme mes
> observations sont des 0 et des 1 et pas directement (Nm/Ns) et les differents
> intervalles d’observations ne se superposent pas aux types de sol, j’ai
> essaye
> de passer le terme correctif en parameter du modele sous la forme d’une
> “offset
> variable” dans la fonction glm. Si j’ai bien compris ca donne un modele dont
> la
> constante varie avec dt, ce qui pourrait s’ecrire d’une maniere probablement
>
> assez peu orthodoxe comme :
> Ln(Nm/Ns)(i) = b0 + bX + ln(dt(i)), i.e. (Nm/Ns)(i)=ln(dt(i))*exp(b0 + bX)
>
> Evidemment ca solutionne mes problemes d’interactions avec les types de sol
> !
>
> Une fois ajuste, le modele predit pm(i), la probabilite de mortalite de
> chaque
> individu i sur la periode d’observation dt(i). La mortalite annuelle dans une
>
> classe de sol serait donc la moyenne des pm(i)/dt(i) de la classe consideree
> (quid des erreurs standarts ???).
>
> Est-ce une ineptie ????
>
>
> Raphael Pelissier
> UMR AMAP
> TA40/PS2
> 34398 Montpellier cedex05
>
> -------------------------------------------------
> This mail sent through IMP: http://horde.org/imp/
>
Raphael Pelissier
UMR AMAP
TA40/PS2
34398 Montpellier cedex05
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