Bonjour,
J'ai répondu à la dernière question de Karine Jacquet dans la fiche
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/querep/qrh.pdf
Rubrique Questions Réponses sur le site
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html
Merci à Karine pour cette question pas simple.
D. Chessel
Karine Jacquet a écrit :
> Bonjour,
>
> Je souhaite vous poser une question pas directement tournée vers ade4
> ou R, mais sur les résultats d'analyses, à propos du lien, après une
> Analyse Factorielle des Correspondances par exemple, entre les
> pourcentages de variances expliqués par les axes factoriels de
> l'analyse et les corrélations canoniques (racines carré des valeurs
> propres).
>
> En fait, on m'a reproché, pour une publication, le fait que j'ai un
> faible pourcentage de variance expliqué par mon premier axe, alors
> qu'on voit clairement que l'ordination est correcte. Aussi je me suis
> penchée sur les corrélations canoniques, et j'ai trouvé une forte
> corrélation canonique associée à ce premier axe.
>
> Or là, je suis confronté à un autre cas qui me laisse perplexe. Après
> une AFC sur une matrice de structure de végétation (contenant des
> pourcentages de recouvrements de strates de végétation, avec 96
> relevés et 8 strates), j'obtiens, pour mon premier axe factoriel, une
> variance expliquée de 56,3% et une corrélation canonique de...0,26 !
> Pourquoi cette corrélation canonique est -elle si faible en
> comparaison du pourcentage de variance expliquée?
>
> Inversement, sur l'AFC d'abondance spécifique d'oiseaux (d'une matrice
> à 93 relevés et 58 espèces) j'obtiens, pour le premier axe factoriel,
> un pourcentage de variance expliqué de 9,6 % et une corrélation
> canonique de 0,51...pourquoi est-elle si élevée en comparaison du
> pourcentage de variance?
>
> Je ne comprends pas le lien entre ces deux facteurs...pourriez-vous
> m'y aider?
>
> Je vous remercie par avance,
>
> Karine Jacquet
>
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