Bonjour
Emmanuel Castella écrit:
>je realise une analyse de co-inertie entre un tableau d'ACPn et une AFC
>inter-classes. Les lignes du tableau d'ACP sont ponderees par le fichier
>-.bepl de l'AFC inter. Les etapes "matching two statistical triplets" et
>"co-inertia analysis" fonctionnent, mais pas le test "fixed table 2" qui
>affiche: "Sorry: option non available (lecmatinit)". Le test de permutation
>est-il possible dans ce type de couplage ?
Il précise :
>les deux tableaux de depart sont:
>- un tableau faunistique comportant 208 releves en lignes et 63 taxons en
>colonnes.
>ce tableau passe par une AFC, puis par une AFC inter-classes (il y a 26
>classes avec 8 releves par classe)
>- un tableau de variables de milieu comportant 26 releves en lignes et 8
>variables en colonnes (les 26 releves correspondent aux 26 classes du
>tableau faunistique). Ce tableau passe par une ACPn ponderee par le fichier
>-.bepl de l'AFC inter-classes de la faune.
>
>- le couplage entre l'ACP et l'AFC inter fonctionne:
>
>coinertia analysis between two statistical triplets
1 ---> SITTAB.cnta (rows: 26, col: 8, axes: 4, inertia:8.000000)
> 2 ---> inter-ds.beta (rows: 26, col: 63, axes: 4, inertia: 0.833651)
>Coinertia: 0.576712, RV coefficient: 0.493346
>mais pas le test de permutation (fixed table 2).
Bravo Emmanuel, tu as gagné un module gratuit
Il y avait un bug dans le programme qui l'empéchait de donner le résultat dans certains cas. Normalement il devait fonctionner.
Profitons en pour préciser la démarche
Toute analyse comporte une transformation préliminaire suivie d'une procédure générale. Dans un couplage ça se complique puisqu'il y a deux transformations initiales.
Le cas le plus simple est celui de la pondération uniforme. Soit X1 le premier tableau et X1.**ta le tableau modifié par son analyse. Soit X2 le second tableau et X2.##ta le tableau modifié par son analyse. Si les deux pondérations sont uniformes on fait des permutations sur X1.**ta (le plus petit des deux pour aller plus vite). C'est l'option
CoInertia : Coinertia test - Fixed D
identique dans ce cas à l'option
CoInertia : Coinertia test - Fixed Tab 1
et identique encore dans ce cas à l'option
CoInertia : Coinertia test - Fixed Tab 2
Dés que la pondération n'est pas uniforme de deux choses l'une. Ou elle est indépendante des deux analyses ou elle est associée à l'un des deux tableaux.
Dans le premier cas, on permute X1 et X2 et on recalcule X1.**ta et X2.##ta à chaque tour avec la pondération des lignes fixées. C'est l'option
CoInertia : Coinertia test - Fixed D (cas non uniforme)
Dans le second cas, il faut garder fixe le tableau qui définit la pondération et permuter l'autre.
Dans
CoInertia : Coinertia test - Fixed Tab 1
on permute X2 et à chaque tour on recalcule X2.##ta
Dans
CoInertia : Coinertia test - Fixed Tab 2
on permute X1 et à chaque tour on recalcule X1.**ta
Dans le cas présenté par Emmanuel, pour associer l'AFC inter-classe et l'ACP il faut conserver les poids des classes issues de l'inter et les transporter sur l'ACP, donc faire cela à chaque tour du test de permutation.
Le programme sait faire les centrages avec une pondération extérieure pour les options cp, cn, fc, nc et cm (ACP centrée et normée, AFC, ACM et ACP non centrée). Donc normalement le test est possible dès qu'on permute et recentre un tableau associée à une analyse de base. Le programme redemandait un centrage inutile du coté du tableau fixe qu'il ne pouvait faire.
Ce sera corrigé dans la prochaine mise à jour et le module corrigé est disponible pour ceux qui en ont besoin tout de suite
Merci pour cette remarque fort pertinente
Daniel Chessel
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