Bonjour,
Une AFCVI sur une ACM qui ne contiendrait qu'une variable qualitative est exactement une AFC inter-classe. Donc il est d'abord pleinement justifier de tester le rôle de chacune des variables stationnelles sur le contenu floristique.
Pour faire une synthèse du rôle des variables, on peut effectivement faire une ACM, définir le sous-espace associé puis faire une ACPVI utilisant le triplet de l'AFC du tableau floristique et le sous-espace défini par le triplet de l'ACM.
ça suppose de transporter sur l'ACM le poids des placettes définies par l'AFC. Je trouve ce procédé assez hasardeux. Avec 100 placettes dépasser 10 modalités met dans le sous-espace de projection des variables très peu interprétables (surtout si des modalités sont faiblement représentées).
Il semble toujours préférable de faire une co-inertie entre ACM (milieu) et AFC (végétation). Cela correspond exactement à la théorie des profils écologiques (voir Mercier, P, Chessel, D. & Dolédec, S. (1992) Complete correspondence analysis of an ecological profile data table: a central ordination method. Acta ‘cologica : 13, 25-44.) C'est aussi très proche d'une AFCVI sur les premières coordonnées de l'ACM (ce qui élimine les combinaisons précitées). Le seul défaut est que la répartion de chaque espèce est comparée à la répartition de toutes les espèces. S'il y a des facteurs limitants pour un grand nombre d'espèce, c'est une catastrophe. Dans ce cas passer les espèces en profil colonnes et coupler l'ACM avec une ACP centrée. On mesure tous les écarts à la distribution uniforme (espèce théorique présente partout).
En bref, les AFCVI sur ACM sont toujours possibles mais avec des contraintes très strictes qui rendent la chose rarement utile. La co-inertie AFC-ACM est en général meilleure. Dépouiller par code des modalités -> code des relevés par moyenne des modalités portées -> espèces à la moyenne des modalités où l'inverse. Tous les détails dans la fiche thématique 4.2 Profils écologiques et analyse de co-inertie.
La représentation modalités-plcettes-espèces est aussi valide en co-inertie qu'en AFCVI (seule la contrainte de fonctionnement change). Avec des variables qualitatives la co-inertie est plus stable (voir Prodon, R. & Lebreton, J.D. (1994) Analyses multivariées des relations espèces-milieu : structure et interprétation écologique. Vie Milieu : 44, 69-91.)
Bon courage
>Je vous expose l'analyse que je souhaite réaliser et je suis preneur de tout conseil permettant d'y parvenir.
>
>Sur un jeu de placette, nous avons effectué des relevés botaniques (250 espèces, 100 placettes). A partir d'observation pédologiques, les placettes ont été classées dans des types qualitatifs de stations (environ 5, peut varier selon niveau de précision).
>J'envisage de réaliser un " équivalent " de l'AFCVI, en utilisant une ACM à la place de l'ACP.
>Est-ce que je peux considérer que le rapport des traces est une évaluation de l'explication apportée par la variable " station " dans la composition botanique des placettes ?
>Est-ce que je peux mettre dans un même plan factoriel des placettes et les espèces végétales ?
>Certaines espèces sont indicatrices d'un type de station ; est-ce que je dois les trouver plutôt en périphérie du nuage ?
Daniel Chessel
----------------------------------------------------------------
Universite Lyon 1 - Bat 401C - 69622 Villeurbanne CEDEX - France
Tel : 04 72 44 82 77 Fax : 04 72 43 11 41
----------------------------------------------------------------
ADE-4 sur Internet ---> http://biomserv.univ-lyon1.fr/ADE-4.html
----------------------------------------------------------------
This archive was generated by hypermail 2b30 : Sat Feb 10 2001 - 10:21:32 MET