Bonjour,
La question de Marc Deconchat a deux composantes :
1) L'option "canonical distance" du module distance est effectivement équivalente à "compute distance" du module Clusters, avec la distance euclidienne, à un facteur près. On a laissé le doublon par saturation à la fin de la dernière mise à jour.
2) Par contre l'option A -> Clusters : Compute distances (canonique) sur un .fcli n'est pas équivalente à l'option B -> Distances : Triplet To Distance sur un .fcta. La différences est assez simple. Dans B, les points sont dans leur espace avec la métrique qui donne leur distance deux à deux. Dans A, les mêmes points sont projetés sur le sous-espace des axes conservés et la même distance est calculée entre les points projetés. Dans la quasi totalité des cas, les distances A et B ne sont pas les mêmes (A est plus petite que B), mais si le sous-espace de projection contient l'essentiel de l'information interprétable on peut dire que l'option A contient la partie interprétable de l'option B. La représentation des couples de distances A et B est utilisé dans Legendre, L. & Legendre, P. (1984, Tome 2 - La structure des données écologiques. Masson, Paris. 2ème édition revue et augmentée : 1-344) p. 118 pour interpréter une ACP. Pour faire ce dessin dupliquer les matrices de distances dans des fichiers A et B et changer leur dimensions n-n en n*n-1 pour Curves : Lines (sans tracer de traits). On peut ainsi vérifier que les distances A (dans l'espace réduit) sont systématiquement plus faibles que les distances B (dans l'espace de départ) mais, en outre on peut justifier le fait qu'une analyse peut être bonne sans qu'on garde des proportions d'inertie élévées.
Cordialement
>Est-ce que "canonical distance" du module distance est équivalent à "compute
>distance" du module Clusters, avec la distance euclidienne, à un facteur près?
>En voulant évaluer la corrélation entre la distance géographique et écologique
>de placettes, j'ai construit une matrice de distance par Clusters/compute
>distance(euclidienne) à partir du fichier *.fcli issu d'une AFC. J'ai utilisé
>le test de Mantel entre cette matrice et une matrice de distance géographique.
>Est-ce que j'aurai obtenu le même résultat (apparemment oui dans mon cas) en
>utilisant distance/triplet to distance sur le fichier *.fcta? Quelles sont les
>différences entre les deux matrices de distance produites?
Daniel Chessel
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