Re: repertoires de travail

From: Jean Thioulouse (Jean.Thioulouse@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Wed Feb 11 1998 - 20:53:42 MET


Deconchat Marc <deconcha@telesad.toulouse.inra.fr> ecrit:
>Pour mettre un peu d'ordre dans les trés nombreux fichiers produits par ADE
>(win95), je les ai rassemblés par répertoire correspondant à chaque analyse.
>Mais, il semble que certains modules n'acceptent pas cette dispersion (ex:
>Co-inertia). Il ne s'agit apparemment pas d'un problème de nom de chemin
>(trop
>long ou trop tarabiscoté); je n'ai pas essayé la situation où les analyses
>seraient dans des répertoires différents mais où je ne les aurais pas
>déplacés
>manuellement...

Le module CoInertia marche bien dans le cas ou on a effectue les analyses
de depart dans deux repertoires differents. Si on ne fixe pas de nom de
chemin pour le fichier de sortie, les fichiers propres a l'analyse de
coinertie sont simplement crees dans le repertoire qui a ete selectionne
en dernier. Si on fixe un chemin explicite pour le fichier de sortie (dans
l'option "Matching two statistical triplets"), tous les fichiers sont crees
dans le repertoire indique. On peut donc avoir un repertoire contenant deux
sous-repertoires, avec les analyses de base dans ces deux sous-repertoires
et l'analyse de coinertie dans le repertoire de base. C'est donc beaucoup
plus souple que sur Mac, ou ce genre de chose est strictement interdit.

Dans le cas d'un couplage ACP/AFC l'ACP initiale munie de la ponderation
des lignes de l'AFC peut se faire en selectionnant comme fichier de
ponderation des lignes le fichiers xx.fcpl se trouvant dans le dossier
ou a ete effectuee l'AFC.

Le probleme c'est que de nombreux modules accedent a des fichiers dont
les noms sont construits automatiquement a partir d'un nom de fichier
fourni par l'utilisateur. Si certains de ces fichiers sont ensuite deplaces
a la main, le chemin permettant d'y acceder n'est plus valide et le module
ne les trouve plus.

>Est-ce qu'il ne serait pas possible d'imaginer (c'est le plus facile, reste à
>faire...) que chaque analyse (ou au moins les plus prolifiques) produise un
>répertoire différent sous le répertoire par défaut?

La creation des repertoires est malheureusement une chose tres dependante
du systeme d'exploitation. Sur Mac en particulier, le systeme de fichiers
est tres complexe et la simple gestion du repertoire par defaut (tres
facile sous Windows) necessite deja des dizaines de lignes de code.
Il est par exemple impossible sur Mac d'utiliser un chemin pour acceder
a un fichier comme sous Windows ou Unix (la raison en est simple : deux
volumes peuvent avoir le meme nom, un simple nom de chemin est donc
ambigue).

>Est-ce qu'il est possible d'executer adetrans à partir d'une ligne de
>commande
>(adetrans nomfichier)?

Non. Ca plante apparemment ADETrans, pour une raison que j'ignore. Je n'ai
pas du tout cherche a faire fonctionner ADETrans en mode ligne. Je ne vois
d'ailleurs pas bien l'interet de la chose...

--
Jean Thioulouse - Laboratoire de Biometrie -  Universite Lyon 1
69622 Villeurbanne Cedex - France           Fax: 04 78 89 27 19
Tel: 04 72 43 29 01 http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/JTHome.html



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