Bonjour,
La réponse de Marc Déconchat à Pascal Vittoz est tout-à-fait appropriée et je veux juste rajouter un commentaire à sa dernière question.
L'ACC donne une combinaison linéaire de variable de variance unité (au sens des poids de .ivpl, coefficient dans .ivfa, valeurs dans .ivl1) qui maximise la variance des positions des espèces (dans .ivco).
Pour interpréter cette combinaison, il est assez judicieux de calculer la corrélation entre ce scores (.ivl1) avec les variables initiales (.cnta) comme l'indique Marc Déconchat. Donc pourquoi ne pas rajouter ce résultat automatiquement ?
Parce que le module CCA, ajouté par Jean Thioulouse pour des raisons de relations publiques (légitimes) est un extrait de Projectors qui fonctionne pour tout type d'analyse sur le tableau de milieu (en particulier une ACP normée comme dans CCA) et tout type d'analyse du tableau faunistique (en particulier une AFC comme dans CCA).
Le programme contient donc, comme beaucoup de modules, un point de vue purement mathématique qui s'applique de façon universelle (par exemple Projectors donne une combinaison linéaire de variable de variance unité (au sens des poids de .ivpl, coefficient dans .ivfa, valeurs dans .ivl1) qui maximise la somme des carrés des covariances avec les espèces (dans .ivco), si on fait une ACP centrée sur le tableau faunistique).
Quelqu'un qui a bien compris cette chose, c'est Alain Méot qui vient de publier l'article Méot, A., Legendre, P. & Borcard, D. (1998) Partialling out the spatial component of ecological variation: questions and propositions in the linear modelling framework. Environmental and Ecological Statistics : 5, 1-27, que je considère personnellement comme un acte de piraterie authentique sur ADE-4, puisqu'il publie le principe mathématique de la construction du module Projectors (en particulier sur les espaces A-inter-B-orthogonal) sur un cas particulier d'utilisation.
Les modules séparent ce qui est du domaine général (la projection qui décompose la variabilité en somme par le théorème de Pythagore) du cas particulier laissé à la disposition de chacun (il est judicieux de regarder telle chose) qui peut varier à l'infini.
Le lien entre le score des relevés et les variables de départ se fait par les poids (.ivfa) calculés pour donner des combinaisons de variance unité de manière générale et pour des variables quantitatives le lien entre le score des relevés et les variables de départ par des corrélations est une aide à l'interprétation particulière qui est d'essence pragmatique. Voilà pourquoi le fichier n'y est pas dans le module Projectors, mais il devrait y être dans le module CCA. Donc on va le rajouter (bientôt...)
>Je ne sais pas a quoi correspond le graphe du bas de la page 27, dans ma
>version de la doc thematique ce sont les correlations des variables
>initiales avec les axes (avec Rec-arb, haut-arb, haut-bra, rec-he et alti
>du meme cote a gauche). Les 2 questions me semble donc identiques.
>
>J'ai mis aussi du temps a comprendre que pour obtenir ces points, il
>fallait passer par une etape supplementaire, indiquee dans le texte:
>utiliser matalg/diagonal inner product.
>
>En X, j'indique le tableau initial des variables
>en option, je les normalise (choix idem a celui de l'acp utilisee dans la
>CCA)
>en Y: **.ivl1
>D inner: option 2
>poids: **.fcpl poids de l'AFC
>et j'indique un nom de fichier de sauvegarde qui est utilise pour la
>representation (avec scatters).
>
>Peut-etre ce fichier pourrait-il faire partie des fichiers de sortie? Un de
>plus un de moins...
>
>en esperant ne pas jetre de confusion...
>Marc Deconchat INRA-URSAD/SEBSO BP 27 F-31320 Castanet
>Tel:+ 33 (0) 5 61 28 52 55 Fax: +33 (0) 5 61 73 20 77
>Email: deconcha@telesad.toulouse.inra.fr
>
>> -----Message d'origine-----
>> De: Pascal Vittoz [SMTP:Pascal.Vittoz@ibsg.unil.ch]
>> Date: jeudi 26 mars 1998 13:31
>> A: adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
>> Objet: Analyses canonique de correspondance
>>
>> Qui pourrat m'aider ?
>>
>> Je desire effectuer une analyse canonique de correspondances sur une
>> matrice de releves de vegetation couplee avec une matrice de donnees
>> ecologiques (altitude, pente, orientation, ...). J'ai suivi la procedure
>> expliquee dans Thema 37.card (Analyses canoniques de correspondances) en
>> utilisant les paragraphes 1.1, 1.5, 3.1 et 3.2.
>>
>> Tout a bien fonctionne jusqu'a la page 26 et les resultats obtenus sont
>> tout a fait coherents avec ceux obtenus par un collegue avec le logiciel
>> CANOCO. Mais il y a deux elements que j'aimerais obtenir pour
>> l'interpretation mais je ne comprends pas ou les trouver:
>> -les coordonnees des pointes de fleches. Seul **.ivfa donnant le poids de
>> ces variables est a disposition, mais je ne trouve comment obtenir le
>> graphe situe au bas de la page 27.
>> - la matrice de correlations intra-set, ou les correlations des variables
>> environnementales avec les axes. Si j'ai bien compris les analyses
>> canoniques de correspondances, ces correlations sont importantes pour
>juger
>> de l'importance respective des differentes variables environnementales
>pour
>> chaque axe, mais je ne trouve pas comment les obtenir.
>>
>> D'avance merci beaucoup
>>
>> Pascal Vittoz
>> Universite de Lausanne
>> Institut de botanique systematique et de geobotanique
>> CH-1015 Lausanne
>>
>>
Daniel Chessel
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Tel : 04 72 44 82 77 Fax : 04 72 43 11 41
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