Bonjour,
J'utilise actuellement les analyses de co-inertie et j'ai quelques
questions.
Si j'ai bien compris, l'analyse de co-inertie est "voisine" de la CCA, sauf
que ce ne sont pas les memes parametres qui sont maximises (correlation
dans l'un, covariance dans l'autre) et qu'il n'y a pas d'ordre d'entree des
tableaux dans la co-inertie, alors que ce n'est pas le cas avec CCA.
J'ai mis un certain temps a comprendre que l'ordre de saisie des fichiers
dans la co-inertie est sans effet sur l'ordre de notation dans les fichiers
de sortie, puisque le tableau le plus petit est toujours mis en premier, ce
qui fait qu'en saisissant les fichiers dans l'ordre taxon puis milieu (de
facon comparable a CCA), j'obtiens des resultats dans l'ordre inverse
puisque ma table milieu est plus petite.
Il me semble que les fichiers de sortie sont "similaires" dans leur contenu
entre les 2 analyses, mais il est difficile d'utiliser les suffixes comme
moyen de memoriser les elements similaires. La liste des suffixes est la
suivante:
CCA:
ivta :projected variable file
ivpc :columns weights
ivpl :rows weights
ivvp :eigen value and inertia
ivfa :weights coef of lin. comb. of explanatory variable with unit
norm Milieu
ivl1 canonical row scores linear combination of explanatory variable with
unit norm releves
ivco column scores (dependant variables) with lambda norm Taxon
ivc1 column scores (dependant variables) with unit norm Taxon
ivls row scores (dependant variables before projection) releves
ivli predicted row scores (dependant variables after projection) Releves
Co-inertie:
iita :crossed table YtDnx
iipc weight of each column
iipl weight of each row
iivp eigen value and inertia
iico colums scores milieu
iili row scores taxon
iiw1 canonical weights of variables of table 1 milieu
iiw2 idem table 2 taxon
iil1 coordinates of the rows (table1) releves
iil2 coordinates of the rows (table2) releves
iim1 normalized coordinates (table1) releves
iim2 normalized coordinates (table2) releves
iia1 coordinates of the projections of inertia axes onto co-inertia axes
(table1)
iia2 idem table2
Apparement, des suffixes similaires (xxli par exemple) ne designent pas des
elements similaires, dans la VI, ce sont les coordonnees des releves, dans
la co-inertie, ce sont les coordonnees des varaibles du tableau le plus
grand (taxon dans l'exemple).
Dans l'AFCVI, ivfa, ivl1 et ivco "allow a convenient interpretation", il me
semble que dans la co-inertie, les 3 fichiers similaires sont: iiw1, iim2
et iiw2 (a moins que ce ne soit iico, iim2 et iili ?), le groupe iiw1,
iim2,iiw2 permettant une interpretation differente, du point de vue des
variables de milieu. Est-ce bien le cas ou n'y a t-il aucune similarite
entre les analyses?
Le graphique associant iim1 et iim2 semble important pour l'interpretation,
mais comment l'interpreter? Est-ce que plus les fleches sont courtes, plus
les 2 tableaux ont une structure similaire?
J'ai realise une analyse de co-inertie avec comme fichier d'entree le
resultatde NSCA_row_profil, avec des resultats interessants. Par
"curiosite", j'ai tente la meme analyse avec NSCA_Col_profil, en prenant
soin de faire l'ACP avec les poids de cette analyse. La Co-inertie me donne
alors un message d'erreur (poids inegaux) dont je ne comprend pas la raison
fondamentale.
La co-inertie donne deux point de vue sur les donnees, selon les taxons ou
selon les variables de milieu (iim1 ou iim2). Mon objectif est plutot de
chercher des relations du type taxon=f(milieu), pour predire une diversite
en fonction de choix forestiers. Il me semble donc que mon interpretation
doit surtout se porter sur l'espace des especes (iil2 ou iim2).
J'ai remarque que la qualite des graphiques changeait avec les bornes des
axes. Ainsi, j'ai eu la surprise de voir un vecteur de correlation sortir
du cercle unite avec des bornes 1,-1,1,-1, y entrer avec les bornes 1,5;
-1,5; 1,5; -1,5 et etre en bordure avec des bornes 1,5; -1; 1,5; -1. Si ces
variations de positionnement sont sans consequence pour la majorite des
graphiques factoriels de scatters, c'est un peu genant avec les vecteurs de
correlation.
Bonne journee (sans foot) a tous.
Marc Deconchat INRA-URSAD/SEBSO BP 27 F-31320 Castanet
Tel:+ 33 (0) 5 61 28 52 55 Fax: +33 (0) 5 61 73 20 77
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