Samir Messad dit :
>Je veux réaliser une typologie de formations végétales à partir
>d'observations phytosociologiques codées en abondance-dominance (de 1 =
>absence à 7 = 100 % de couverture).
>J'ai un tableau avec 172 espèces en lignes et 162 relevés en colonnes. Je
>voudrais savoir comment préparer le tableau avec ADE-4 pour réaliser une
>ACM sur variables à codage flou (fuzzy variables).
La question est mal posée (je pense) et il n'y a aucune raison de faire une ACM floue sur un tableau phyto-sociologique.
Le codage des phytosociologues est une merveilleuse invention par les expérimentateurs de la normalisation d'une quantité.
Il vient du fait que lorsque le recouvrement croit la précision diminue (on voit bien mieux une différence entre 1 et 11% de recouvrement qu'entre 31 et 41%). La différence entre 2 et 3 a la même signification qu'entre 5 et 6.
Seule nuance : il faut coder de 0 à 6 et non pas 1 à 7 (l'invention du 0 est déjà ancienne et aucune citation n'est imposée).
On peut alors faire une ACP centrée par espèces PCA: Covariance matrix PCA (la normalisation est proscrite et déjà faite expérimentalement). Remarque : en laissant le codage 1-7 on obtient le même résultat qu'avec le codage 0-6. On tient alors trop compte des espèces abondantes.
On peut faire une AFC COA: COrrespondence Analysis (le codage 0-6 est alors indispensable, changer par Bin->Bin: [a*x+b]pow[c] a=1, b=-1, c=1). On tient alors trop compte des espèces rares. La perfection n'est pas de ce monde.
On peut faire une ACP sur les pourcentages par relevés (PCA: After row % transformation PCA) ou une Analyse des correspondances non symétriques (COA: NSCA_Row_Profiles). Cette dernière est fortement recommandée s'il y a beaucoup d'espèces rares.
On peut choisir une distances dans Distances et faire une Analyse en Coordonnées Principales (PCO) dans Distances: Principal Coordinates ou une classification dans Clusters.
Si il y a des variables de milieu, on peut faire une analyse canonique des correspondances (CCA) ou une co-inertie (CoInertia) ou une ACPVI (Projectors) une analyse des niches (Niche: OMI Analysis).
Si il y a des facteurs écologiques limitant (salinité, pollution, anthropisation) on peut faire une analyse sur les profils espèces (Niche: Species Profiles PCA)
On ne sait toujours pas ce qu'il FAUT faire, mais juste ce qu'on PEUT faire.
C'est tout le charme (discret) de l'écologie des communautés.
Cordialement
Daniel Chessel
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