Deux commentaires à chaud sur les messages de Vincent Ginot et François Gillet
>Pour ma part, je ne comprends pas tres bien la difference
>de codage 0-6 ou 1-7 dans le cas d'une AFC, mis a part
>que dans le premier cas, le programme nous jetera comme
>un malpropre dans le cas d'une ligne ou une colonne de zeros ?
1) Le triplet de l'afc est du type p(i,j)/p(i,.)/p(.j) - 1 et tous les profils sont modifiés avec le codage 1-7.
2) Il est inexact que le programme de l'afc interdit les lignes ou les colonnes de 0
for (i=1;i<=i1;i++) {
a1 = poili[i];
if (a1 != 0.0) {
for (j=1;j<=j1;j++) {
a2 = poico[j];
if (a2 != 0) w[i][j] = w[i][j] / a1 / a2 - 1;
}
}
}
Dans ADE-4 si le poids d'une ligne ou d'une colonne est nul on laisse une ligne ou une colonne de 0 dans le tableau doublement centré ce qui revient à mettre le point à l'origine.
>Ce qu'il FAUT faire dépend essentellement des objectifs et du type de données. Si le but est de réaliser une typologie sur la base de données phytosociologiques (abondances d'espèces), les techniques de groupement (clustering) sont beaucoup plus indiquées que les techniques
>d'ordination (ACP, AFC, ACM...)!
>Toutefois, il peut être intéressant de partir d'une ordination (AFC ou analyse en coordonnées principales) et de réaliser le groupement agglomératif hiérarchique (ou classification hiérarchique ascendante) sur les coordonnées des relevés sur les axes factoriels.
>Je ne sais pas toutefois comment réaliser cela simplement sur ADE-4, étant donné que j'utilise plutôt un programme spécialisé (Mulva-5 de Wildi et Orloci) pour ce type de traitement. J'ai mis au point une procédure standardisée pour la classification automatique des relevés
>phytosociologiques que je tiens à la disposition des personnes intéressées.
3) En phytoécologie, deux modèles théoriques s'affrontent.
Le premier, dit de l'école du Wisconsin, suppose que les variables du milieu physique ordonnent les relevés sur des gradients, gradients sur lesquels s'ordonnent les espèces par leurs préférences et le jeu de la compétition. Le modèle du gradient fonde la notion d'ordination, laquelle trouve dans la méthode de "reciprocal averaging" (AFC) de Hill (1974) son pendant statistique et Ter Braak (1985) montre que cette relation modèle écologique/modèle statistique est profonde. Le second dit de l'école sigmatiste voit dans l'assemblage d'espèces observé dans un relevé une réalisation (du type statistique) d'une unité abstraite dite "association" qui autorise une classification hiérarchique du type linnéen des communautés végétales, ce qui fonde la phytosociologie (Guinochet 1973). La même méthode statistique (AFC) est alors introduite pour représenter les partitions obtenues par une classification sur les cartes factorielles (Roux et Roux (1967)). Gounot (1969) en appellait à la création de modèles mixtes, mais l'
entreprise est encore difficile.
Le type de traitement "indiqué" dépend d'abord de la conception générale qu'on a du monde végétal.
Autant le dire clairement.
Daniel Chessel
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ADE-4 http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/ADE-4F.html
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