Substitution rate and gene expression pattern in mammals

Genes 1401 to 1500

                                                                        
NbT:      number of tissues where ESTs have been detected (in human). 
LgCDS:    length of the aligned protein coding sequences (CDS).       
Ka:       non-synonymous substitution rate.                           
LgS:      number of synonymous sites.                                 
Ks:       synonymous substitution rate.                               
LgSnd:    number of synonymous sites after having removed doublet substitutions.                                                               
Ks_nd:    synonymous substitution rate without doublet substitutions. 
Lg5'UTR:  length of the aligned 5'UTRs (*).                    
K 5'UTR:  substitution rate within 5'UTRs (*).                 
Lg3'UTR:  length of the aligned 3'UTRs (*).                    
K 3'UTR:  substitution rate within 3'UTRs (*).                 
                                                                             
   (*) UTR data from Makalowski and Boguski (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:9407-9412                                        
   (**) When both rat and mouse orthologs are available, human/rodent substitution rates are calculated using mouse.

					Human / Rodent (**)										Mouse / Rat
	Human acc. num.	Mouse acc. num.	Rat acc. num.	NbT	LgCDS	Ka	LgS	Ks	LgSnd	Ks_nd	Lg5'UTR	K 5'UTR	Lg3'UTR	K 3'UTR	LgCDS	Ka	LgS	Ks	LgSnd	Ks_nd
1401	U72618 CDS	M57966 CDS	-	1	1884	0.029	595	0.487	585	0.443	-	-	1172	0.574	-	-	-	-	-	-
1402	U62317 CDS	X73231 CDS	-	6	1518	0.084	433	0.535	414	0.439	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1403	U62317 CDS	-	D43623 CDS	8	2316	0.076	664	0.505	639	0.422	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1404	M62982 CDS	U04334 CDS	-	0	1989	0.091	560	0.441	538	0.328	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1405	L40802 CDS	Y09517 CDS	X91234 CDS	4	1137	0.275	229	0.671	211	0.446	-	-	-	-	1137	0.104	311	0.207	309	0.180
1406	M95787 CDS	Z68618 CDS	M83107 CDS	13	603	0.016	193	0.350	189	0.330	-	-	351	0.279	603	0.013	195	0.150	195	0.141
1407	L02426 CDS	U39302 CDS	D50696 CDS	13	1320	0.001	439	0.377	427	0.333	-	-	-	-	1320	0.000	440	0.190	438	0.186
1408	L32867 CDS	L38677 CDS	D45255 CDS	3	1023	0.045	312	0.512	305	0.435	-	-	-	-	1023	0.019	327	0.192	324	0.181
1409	D13146 CDS	D38642 CDS	L16532 CDS	3	1260	0.077	355	0.414	345	0.370	-	-	-	-	1260	0.025	398	0.163	397	0.156
1410	L25798 CDS	-	X52625 CDS	6	1560	0.024	493	0.413	484	0.374	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1411	D13748 CDS	L36611 CDS	-	19	1218	0.001	405	0.351	403	0.340	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1412	J05070 CDS	X72794 CDS	U24441 CDS	6	2112	0.157	528	0.600	489	0.409	-	-	191	0.337	2076	0.076	594	0.176	594	0.131
1413	M21904 CDS	X14309 CDS	U59324 CDS	17	1566	0.158	395	0.569	363	0.363	-	-	160	0.553	1566	0.059	469	0.158	468	0.135
1414	L19605 CDS	U65986 CDS	-	13	1509	0.035	469	0.389	461	0.351	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1415	L41147 CDS	-	L03202 CDS	0	1308	0.097	375	0.444	357	0.314	341	0.554	161	0.804	-	-	-	-	-	-
1416	M89955 CDS	X94908 CDS	M89953 CDS	0	1122	0.057	340	0.554	328	0.477	-	-	-	-	1122	0.006	371	0.152	369	0.145
1417	L05568 CDS	Y08870 CDS	X63253 CDS	0	1890	0.045	578	0.461	566	0.420	-	-	501	0.293	1890	0.017	610	0.235	608	0.218
1418	J04137 CDS	U66843 CDS	-	4	1614	0.056	484	0.589	460	0.454	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1419	D25234 CDS	-	M77850 CDS	4	432	-	-	-	-	-	-	-	241	0.560	-	-	-	-	-	-
1420	L36463 CDS	-	U80076 CDS	0	2310	0.143	608	0.584	574	0.402	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1421	D10653 CDS	D26483 CDS	-	9	732	0.007	240	0.266	240	0.261	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1422	M59465 CDS	U19463 CDS	-	1	2325	0.055	695	0.607	665	0.512	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1423	D13538 CDS	M97516 CDS	D00819 CDS	2	1365	0.036	424	0.439	417	0.401	-	-	-	-	1365	0.006	449	0.098	449	0.090
1424	M20786 CDS	Z36774 CDS	-	2	1473	0.160	366	0.407	348	0.302	-	-	644	0.420	-	-	-	-	-	-
1425	L24893 CDS	M62860 CDS	-	0	744	0.033	232	0.287	226	0.229	-	-	250	0.132	-	-	-	-	-	-
1426	D38441 CDS	-	X14915 CDS	11	2187	0.045	666	0.375	651	0.319	-	-	151	0.403	-	-	-	-	-	-
1427	D13866 CDS	X59990 CDS	-	14	2718	0.003	901	0.374	897	0.362	-	-	566	0.465	-	-	-	-	-	-
1428	M74096 CDS	U21489 CDS	L11276 CDS	3	1290	0.082	365	0.640	349	0.526	-	-	-	-	1290	0.024	408	0.203	406	0.189
1429	M10277 CDS	-	J00691 CDS	19	1125	0.003	374	0.359	373	0.356	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1430	M55040 CDS	X56518 CDS	-	6	1842	0.064	543	0.539	522	0.425	-	-	245	0.247	-	-	-	-	-	-
1431	M80333 CDS	-	M22925 CDS	0	1593	0.059	470	0.371	459	0.300	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1432	M16404 CDS	-	J03025 CDS	0	1398	0.030	440	0.504	431	0.463	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1433	J00073 CDS	M15501 CDS	X80130 CDS	7	1125	0.001	374	0.386	369	0.360	-	-	-	-	1125	0.000	375	0.242	375	0.242
1434	M19283 CDS	M21495 CDS	X52815 CDS	18	1125	0.000	375	0.505	373	0.500	-	-	686	0.216	1125	0.000	375	0.140	375	0.140
1435	M93415 CDS	M65287 CDS	S48190 CDS	2	1539	0.002	511	0.222	511	0.222	-	-	648	0.099	1539	0.001	512	0.105	512	0.105
1436	D00654 CDS	M26689 CDS	M22323 CDS	12	1128	0.000	376	0.369	376	0.369	-	-	-	-	1128	0.000	376	0.201	376	0.201
1437	L21934 CDS	L42293 CDS	-	3	1620	0.078	467	0.620	442	0.505	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1438	M13792 CDS	U73107 CDS	-	3	1056	0.093	293	0.707	275	0.524	-	-	216	0.381	-	-	-	-	-	-
1439	L12168 CDS	L12367 CDS	-	15	1422	0.024	451	0.362	447	0.336	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1440	L38290 CDS	M11307 CDS	M29523 CDS	6	1125	0.099	312	0.649	293	0.499	-	-	-	-	1125	0.050	338	0.276	337	0.259
1441	L77730 CDS	-	M94152 CDS	1	951	0.180	229	0.487	210	0.311	-	-	415	0.560	-	-	-	-	-	-
1442	M97759 CDS	U05673 CDS	M91466 CDS	2	996	0.069	289	0.388	279	0.296	-	-	392	0.346	996	0.023	317	0.183	317	0.171
1443	L22214 CDS	-	M64299 CDS	2	978	0.029	309	0.442	305	0.405	303	0.792	275	0.580	-	-	-	-	-	-
1444	M74493 CDS	D87900 CDS	L12382 CDS	6	543	0.000	181	0.354	181	0.354	174	0.182	-	-	543	0.000	181	0.188	181	0.188
1445	M84332 CDS	D87898 CDS	L12380 CDS	16	543	0.000	181	0.379	181	0.379	-	-	270	0.125	543	0.000	181	0.039	181	0.039
1446	M23533 CDS	M99377 CDS	M62372 CDS	0	1344	0.068	398	0.512	383	0.392	-	-	-	-	1350	0.018	433	0.142	433	0.137
1447	M34041 CDS	L00979 CDS	X74400 CDS	0	1341	0.090	373	0.511	357	0.417	-	-	-	-	1332	0.014	431	0.175	432	0.170
1448	J03019 CDS	L10084 CDS	D00634 CDS	0	1395	0.037	432	0.307	418	0.245	-	-	-	-	1395	0.006	459	0.096	457	0.090
1449	J02960 CDS	X15643 CDS	X17607 CDS	3	1239	0.075	359	0.485	351	0.420	1521	0.431	599	0.221	1239	0.032	389	0.177	393	0.171
1450	M58509 CDS	D49920 CDS	D63761 CDS	1	1473	0.080	427	0.425	417	0.353	-	-	-	-	1473	0.030	465	0.137	466	0.119
1451	M83651 CDS	L25885 CDS	D17809 CDS	0	1599	0.073	463	0.474	446	0.391	-	-	527	0.366	1599	0.027	506	0.156	503	0.150
1452	M61763 CDS	-	M35270 CDS	2	1176	0.132	311	0.609	279	0.400	-	-	227	0.493	-	-	-	-	-	-
1453	M61831 CDS	L32836 CDS	U14937 CDS	12	1296	0.018	417	0.340	413	0.319	-	-	673	0.377	1296	0.006	426	0.136	426	0.136
1454	L19872 CDS	M94623 CDS	U09000 CDS	3	2379	0.152	591	0.613	558	0.456	-	-	-	-	2370	0.043	730	0.272	725	0.231
1455	M16961 CDS	S96534 CDS	D10261 CDS	5	1035	0.269	216	0.624	196	0.360	-	-	344	0.466	1035	0.074	299	0.263	293	0.217
1456	M95936 CDS	U22445 CDS	-	6	1443	0.010	472	0.461	469	0.454	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1457	M12523 CDS	M16111 CDS	V01222 CDS	10	1254	0.176	296	0.704	277	0.443	-	-	-	-	1254	0.049	376	0.284	368	0.247
1458	J02874 CDS	M13385 CDS	-	6	396	-	-	-	-	-	-	-	176	0.346	-	-	-	-	-	-
1459	M15656 CDS	-	X02284 CDS	3	1092	0.025	347	0.461	337	0.415	-	-	382	0.556	-	-	-	-	-	-
1460	M31994 CDS	M74570 CDS	AF001896 CDS	12	1503	0.073	435	0.593	418	0.467	-	-	-	-	1503	0.017	483	0.193	479	0.181
1461	M20456 CDS	U07235 CDS	X14977 CDS	11	1548	0.028	491	0.610	484	0.578	-	-	-	-	1548	0.007	509	0.238	511	0.236
1462	M95740 CDS	L34111 CDS	-	5	1902	0.123	499	0.647	467	0.511	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1463	M63420 CDS	M63419 CDS	M32748 CDS	0	603	0.129	160	0.522	154	0.414	-	-	713	0.496	603	0.052	183	0.247	180	0.219
1464	L11695 CDS	D28526 CDS	L26110 CDS	0	1497	0.014	484	0.393	482	0.383	-	-	659	0.266	1491	0.005	493	0.126	496	0.115
1465	M24439 CDS	J02980 CDS	J03572 CDS	2	1572	0.061	471	0.602	449	0.505	189	0.401	321	0.538	1572	0.014	509	0.260	506	0.239
1466	J04794 CDS	-	D10854 CDS	17	975	0.032	306	0.479	294	0.421	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1467	M59783 CDS	U29152 CDS	M60322 CDS	11	948	0.074	270	0.471	257	0.376	-	-	343	0.461	948	0.014	306	0.204	305	0.195
1468	M21154 CDS	Z14986 CDS	Z15109 CDS	4	1002	0.010	327	0.140	324	0.120	291	0.025	548	0.133	999	0.003	331	0.071	331	0.071
1469	L14721 CDS	M29961 CDS	-	2	2832	0.128	739	0.653	699	0.486	-	-	641	0.227	-	-	-	-	-	-
1470	M22324 CDS	U77083 CDS	M26710 CDS	7	2895	0.151	736	0.673	686	0.495	-	-	400	0.409	2889	0.079	826	0.207	815	0.181
1471	M60092 CDS	-	J02811 CDS	1	2241	0.035	693	0.539	681	0.495	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1472	D13757 CDS	-	D10853 CDS	3	1551	0.038	483	0.607	463	0.518	-	-	1194	0.440	-	-	-	-	-	-
1473	J04611 CDS	U50378 CDS	-	17	1821	0.102	504	0.576	473	0.437	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1474	J04982 CDS	X74510 CDS	X61667 CDS	12	894	0.021	284	0.381	283	0.367	-	-	-	-	894	0.005	295	0.131	295	0.132
1475	M57424 CDS	U27316 CDS	D12771 CDS	14	894	0.007	294	0.286	291	0.271	-	-	256	0.176	894	0.002	297	0.118	296	0.115
1476	M24795 CDS	L23108 CDS	-	6	1416	0.096	397	0.550	381	0.422	263	0.454	423	0.589	-	-	-	-	-	-
1477	L20591 CDS	-	M20559 CDS	7	969	0.097	275	0.520	262	0.414	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1478	M82809 CDS	U72941 CDS	D38224 CDS	8	957	0.045	292	0.535	283	0.468	-	-	-	-	957	0.032	298	0.228	293	0.184
1479	D49396 CDS	M28723 CDS	-	11	768	0.072	220	0.556	212	0.427	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1480	D28532 CDS	X77241 CDS	U28504 CDS	1	1395	0.242	301	0.549	273	0.349	-	-	-	-	1395	0.054	418	0.159	414	0.141
1481	M81768 CDS	U51112 CDS	M85299 CDS	1	2445	0.044	753	0.326	748	0.291	528	0.338	1269	0.310	2445	0.015	792	0.153	794	0.145
1482	J02758 CDS	M13966 CDS	-	0	1182	0.273	239	0.563	222	0.288	-	-	165	0.241	-	-	-	-	-	-
1483	J00098 CDS	X64263 CDS	-	7	792	0.220	173	0.538	160	0.342	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1484	L26234 CDS	U22264 CDS	L07114 CDS	0	684	0.184	162	0.580	153	0.466	-	-	-	-	687	0.040	210	0.159	208	0.138
1485	J02611 CDS	X82648 CDS	X55572 CDS	11	567	-	-	-	-	-	-	-	212	0.454	567	0.057	167	0.178	166	0.151
1486	M10065 CDS	D00466 CDS	-	13	927	0.166	227	0.544	214	0.382	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1487	L29277 CDS	L29278 CDS	X91810 CDS	11	2310	0.005	762	0.355	761	0.354	162	0.451	240	0.247	2310	0.001	768	0.173	766	0.169
1488	M30702 CDS	L41352 CDS	X55183 CDS	2	735	0.181	175	0.604	167	0.417	-	-	227	0.315	720	0.090	203	0.284	200	0.195
1489	M27430 CDS	X53779 CDS	-	1	2655	0.066	782	0.389	755	0.303	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1490	D15050 CDS	D76432 CDS	U51583 CDS	7	3300	0.065	973	0.486	941	0.390	-	-	-	-	3279	0.025	1036	0.173	1040	0.165
1491	M36341 CDS	D87901 CDS	L12383 CDS	15	540	0.019	173	0.273	171	0.250	-	-	817	0.157	540	0.000	180	0.166	180	0.166
1492	M57763 CDS	D87903 CDS	L12385 CDS	4	525	0.000	175	0.149	175	0.149	-	-	-	-	525	0.000	175	0.059	175	0.059
1493	M14502 CDS	U51805 CDS	-	4	966	0.078	278	0.598	263	0.478	-	-	379	0.457	-	-	-	-	-	-
1494	L13291 CDS	L13290 CDS	M86341 CDS	0	1071	0.102	294	0.618	280	0.499	-	-	-	-	1071	0.037	334	0.245	335	0.223
1495	L28997 CDS	-	X76920 CDS	8	543	0.005	179	0.385	176	0.364	-	-	252	0.314	-	-	-	-	-	-
1496	M69238 CDS	U10325 CDS	U61184 CDS	2	2367	0.042	725	0.334	706	0.301	-	-	186	0.153	2364	0.024	752	0.165	751	0.147
1497	L04685 CDS	-	M91589 CDS	3	1254	0.011	409	0.445	401	0.418	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
1498	M37400 CDS	X07302 CDS	D00252 CDS	17	1239	0.047	375	0.486	370	0.447	-	-	640	0.376	1239	0.025	392	0.206	387	0.181
1499	M10058 CDS	D13517 CDS	K02817 CDS	5	852	0.110	224	0.553	208	0.399	169	0.839	263	0.682	852	0.061	252	0.177	251	0.152
1500	M11025 CDS	X53042 CDS	M16347 CDS	2	900	0.226	198	0.562	185	0.347	-	-	-	-	903	0.090	249	0.240	243	0.173

If you have problems or comments...

Back to Query home page