Mercredi: Recherche de motifs dans les promoteurs (Philipp Bucher)

Lundi: Thomas Schiex (Arabidopsis thaliana)

Prediction de genes :

Jeudi: Séquence génomique humaine

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A) Recherche et filtrage de séquences répétées

• RepeatMasker (USA)
• RepeatMasker (UK)

B) Prédictions de gènes protéiques

1- Méthodes ab initio

• Grail
• Genscan (Stanford)
• Genscan (Heidelberg)
• Genscan (Paris)
• FGENESH (Sanger Center)
• GenMark (EBI)

2- Recherche de transcrits (EST, cDNA)

• Recherche de similarités (blastn / human ESTs): BLAST
• Assemblage d'EST: CAP3
• Recherche d'ORF: ORF Finder (NCBI)
• Alignement cDNA/génomique: SIM4

3- Approche comparative

• Recherche de similarités protéiques (blastx): BLAST (NCBI)
• Recherche de similarités protéiques (blastx): BLAST (PBIL)
• Alignement protéine/génomique: GENEWISE (Pasteur)
• Alignement protéine/génomique: GENEWISE (Sanger)

C) Prédictions de gènes non-protéiques, régions régulatrices

• tRNAscan-SE (Wash-U)
• CpGProD: CpG islands
• CpG islands/Grail

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Comparaison de séquences

• LFasta: Alignement par paires
• Alignement multiple
• BLAST: comparaison d'une séquence à une banque de séquences
• PSI-BLAST: comparaison d'un motif à une banque de séquences
• Profile-Scan: comparaison d'une séquence à une banque de motifs

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Requêtes dans les banques

• WWW-Query at PBIL

Exercices d'application

Séquence génomique humaine 1

Séquence génomique humaine 2

Séquence génomique humaine 3 (longue!)

4)Résultats

• RepeatMasker

• FGENESH

• Genscan

• Grail

• Grail+EST

  
  
  
  
  
  
  
  

Instructions PSI-BLAST:

psiblast protscan inspep.aln wormpep2000 

Instructions Profile Search:

profile inspep.aln wormpep2000